劳动者因违规操作给单位造成重大损失的，其赔偿依据主要来源于《中华人民共和国劳动合同法》及相关司法解释，具体分析如下：

1. 赔偿的法律依据：

   • 根据《劳动合同法》第九十条，劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。虽然该条款未直接提及违规操作，但“违反劳动合同中约定的义务”可以涵盖劳动者因违规操作给单位造成损失的情形。
   • 更为直接的是，如果劳动合同或单位规章制度中明确规定了劳动者因违规操作造成损失应承担的赔偿责任，那么劳动者需依据这些约定进行赔偿。

2. 赔偿的范围与限度：

   • 赔偿范围通常限于用人单位因劳动者违规操作而遭受的直接经济损失，如设备损坏、产品报废、客户流失等直接损失。
   • 赔偿限度方面，根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

3. 赔偿的程序与举证：

   • 用人单位在要求劳动者赔偿时，需承担举证责任，证明损失的存在、损失与劳动者违规操作之间的因果关系以及损失的具体数额。
   • 劳动者在接到赔偿要求后，有权对用人单位提出的损失数额和因果关系进行质证和反驳。

4. 特殊情况下的赔偿：

   • 如果劳动者的违规操作构成故意或重大过失，且给单位造成特别重大损失，单位可能依据劳动合同、规章制度或相关法律法规，要求劳动者承担更重的赔偿责任。但这种情况下，也需确保赔偿的合理性和合法性，避免过度索赔。
   • 若劳动者因违规操作触犯刑法，如构成职务侵占罪、破坏生产经营罪等，则还需承担刑事责任，但这与民事赔偿是两个独立的法律责任，不互相替代。

建议与提醒：

• 对于用人单位而言，应建立健全的规章制度，明确劳动者违规操作的责任和赔偿标准，以便在发生损失时能够依法维权。
• 对于劳动者而言，应严格遵守劳动合同和单位规章制度，避免违规操作给单位造成损失，同时也需了解自己的合法权益，在面对不合理的赔偿要求时能够依法维权。

若您在劳动工伤领域有具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。