政府部门员工加班是否加工资需分情况讨论，具体取决于加班性质、岗位性质及单位制度，以下是详细分析：

1. 法定标准工时制下的加班工资
   根据《劳动法》第四十四条，若政府部门实行标准工时制（每日8小时、每周40小时），员工在工作日延长工作时间的，应支付不低于工资150%的加班费；休息日加班且不能补休的，支付不低于工资200%的加班费；法定节假日加班的，支付不低于工资300%的加班费。
   例外情形：若单位已安排补休（如休息日加班后调休），则无需支付加班费。

2. 综合计算工时制或不定时工时制的特殊规定
   若政府部门对特定岗位（如应急值班、外勤等）申请了综合计算工时制或不定时工时制，则加班工资计算方式不同：

   • 综合计算工时制：在周期内总工时超过法定标准的部分，按150%支付加班费；法定节假日加班仍按300%支付。
     
   • 不定时工时制：一般不支付加班费，但法定节假日加班需按300%支付。
     关键点：需单位经劳动行政部门批准，且员工需确认自身岗位是否适用此类工时制。

3. 公务员群体的特殊规则
   若员工属于公务员编制（如行政机关公务员），其加班补偿方式与普通劳动者不同：

   • 根据《公务员法》第八十二条，公务员加班后优先安排补休，无法补休的按国家规定给予补助（但补助标准由单位自行制定，法律未强制要求按工资比例支付）。
     
   • 实务中：多数公务员单位以补休为主，补助金额通常低于《劳动法》规定的加班费标准。

4. 单位内部制度的约束
   即使符合加班工资支付条件，若单位通过规章制度或劳动合同约定了更低的加班费标准（但不得低于法定最低标准），或以“值班费”“津贴”等形式替代加班费，可能引发争议。
   建议：员工可要求单位出示相关制度依据，若制度违法可向劳动监察部门投诉。

行动建议：

• 若您属于普通劳动者（如事业单位合同工、劳务派遣人员），可要求单位按《劳动法》支付加班费，并保留考勤记录、加班通知等证据；
  
• 若您是公务员，可优先与单位协商补休，若需主张补助，需查阅单位内部财务制度；
  
• 若单位拒绝支付且协商无果，可向当地劳动监察大队举报或申请劳动仲裁。
  

如有进一步细节（如岗位性质、加班频率等），可继续向我咨询，我会结合具体情形为您分析。