核心结论：出纳占有公款300万却只赔偿100万，这种处理方式显然不符合法律规定和公平原则，应当通过法律途径追讨剩余的200万公款，并视情况追究出纳的刑事责任。以下从民事和刑事两个角度进行详细分析：
一、民事角度
追讨剩余公款：
- 出纳作为公司员工，其占有公款的行为属于职务侵占或挪用资金（具体取决于款项性质和占有时间），公司有权要求其全额返还。
- 若出纳仅赔偿100万，公司可以通过民事诉讼途径，向法院提起诉讼，要求出纳返还剩余的200万公款及可能产生的利息或损失。
- 在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据证明出纳占有公款的事实、金额以及出纳未全额返还的情况。
执行问题：
- 若法院判决出纳返还剩余公款，但出纳拒不执行，公司可以申请法院强制执行，包括查封、扣押、拍卖出纳的财产等。
- 若出纳确实无财产可供执行，公司可以申请将其纳入失信被执行人名单，限制其高消费等，以促使其履行还款义务。
二、刑事角度
职务侵占罪或挪用资金罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，出纳占有公款的行为可能构成职务侵占罪或挪用资金罪，具体取决于款项的性质和占有的目的。
- 若构成犯罪，公司可以向公安机关报案，由公安机关立案侦查，并依法追究出纳的刑事责任。
- 在刑事诉讼过程中，公司可以作为被害人参与诉讼，提供证据支持公诉，并有权要求出纳退赔剩余的公款。
刑事附带民事诉讼：
- 在刑事诉讼过程中，公司还可以提起刑事附带民事诉讼，要求出纳赔偿因犯罪行为给公司造成的经济损失，包括剩余的200万公款及可能产生的其他损失。
建议行动：
- 公司应尽快收集相关证据，包括出纳占有公款的凭证、公司财务记录、出纳的赔偿协议等，以证明出纳占有公款的事实和金额。
- 咨询专业律师，制定详细的诉讼策略，包括民事诉讼和刑事诉讼的并行或分步进行。
- 在诉讼过程中，积极配合法院和公安机关的工作，提供必要的协助和支持。
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