针对您提出的“门诊收费员虚假退费被发现后退还医院，医院不追究是否可以不立案”的问题，这涉及到法律程序和责任追究的层面，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，门诊收费员虚假退费的行为，本质上是一种欺诈或贪污行为，它侵犯了医院的财产权，并可能触犯相关的法律法规。即使收费员在事后将款项退还给了医院，这并不能完全消除其行为的违法性和社会危害性。
关于是否立案，这通常取决于多个因素，包括但不限于：
违法行为的性质：虚假退费行为是否构成犯罪，如贪污、诈骗等，这将直接影响是否需要立案侦查。
违法行为的严重程度：即使行为不构成犯罪，但如果其性质恶劣、影响较大，也可能触发行政处罚或内部纪律处分，甚至在某些情况下，相关部门仍可能决定立案以进行深入调查。
医院的立场：虽然医院表示不追究，但这并不等同于法律上的免责。医院作为受害方，其意见在决定是否立案时可能会被考虑，但并非决定性因素。
法律法规的要求：根据相关法律法规，对于涉嫌犯罪的行为，公安机关有义务进行立案侦查，以维护社会秩序和公共利益。
现在，我们结合您提供的参考信息来进一步分析：
在霍州市检察院的案例中，即使涉案款已经退还，但如果侦查机关认为行为涉嫌犯罪，仍会进行扣押和立案侦查。这表明，退还款项并不自动导致不立案。
《医疗保障基金使用监督管理条例实施细则》等法规，明确了对欺诈骗保等行为的打击力度和法律责任。虽然这些法规主要针对医疗保障基金的使用，但它们体现了对欺诈行为的零容忍态度，这也间接影响了对类似虚假退费行为的处理。
综上所述，即使门诊收费员在虚假退费后将款项退还给了医院，且医院表示不追究，这并不意味着一定可以不立案。是否立案取决于违法行为的性质、严重程度、法律法规的要求以及相关部门的判断。如果行为涉嫌犯罪或违反了相关法律法规，相关部门仍有可能决定立案侦查。
因此，建议您或相关方在面对此类情况时，积极配合相关部门的调查，并咨询专业法律人士以获取更具体的法律建议。