针对您提出的“门诊收费员虚假退费，医院追回后不予追究还会被刑罚吗”这一问题，我们需要从多个角度进行分析。

首先，我们要明确的是，门诊收费员虚假退费这一行为，本质上是一种欺诈行为，它可能涉及到对医院财产的非法侵占，同时也可能损害到医院的声誉和患者的利益。如果这种行为被证实，并且涉及金额较大，那么它很可能构成犯罪。

接下来，我们考虑医院追回款项后的情况。医院追回款项，确实表明了医院在积极维护自身权益，但这并不意味着虚假退费的行为就因此变得合法或不受惩罚。医院是否追究，是医院自身的权利，但这并不影响法律对犯罪行为的评判和处罚。

再来看法律层面，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，诈骗公私财物，数额较大的，构成诈骗罪。门诊收费员虚假退费，如果涉及金额较大，且被证实存在欺诈行为，那么该收费员就可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。

此外，即使医院选择不予追究，但如果该行为被公安机关或其他相关部门发现，并认为构成犯罪，那么该收费员仍然可能面临法律的制裁。因为法律的制裁并不完全取决于受害者的意愿，而是取决于行为本身的违法性和社会危害性。

最后，我们还需要考虑到的是，即使医院追回了款项，并且没有选择追究，但该行为可能已经对医院的内部管理、财务制度等造成了不良影响。因此，医院也应该加强内部管理，完善相关制度，防止类似事件的再次发生。

综上所述，门诊收费员虚假退费，即使医院追回后不予追究，但如果该行为构成犯罪，且被相关部门发现，那么该收费员仍然可能面临法律的制裁。因此，建议医院加强内部管理，完善相关制度，同时，对于涉嫌犯罪的行为，应该及时向公安机关报案，以维护医院的合法权益和社会的公平正义。