结论：公司因车辆问题导致交通事故且司机被认定全责后，让司机停职这一做法是否合理合法，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度、劳动合同约定以及事故责任的具体划分等因素。以下为你详细分析：
若公司规章制度或劳动合同中有明确规定
- 规定合理合法且司机存在过错：如果公司的规章制度或者与司机签订的劳动合同中明确规定，因司机个人原因导致交通事故且承担全责的情况下，公司有权对司机进行停职处理，并且该规章制度在制定过程中遵循了民主程序（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定），也向司机进行了公示或者告知，同时司机在此次事故中确实存在违反交通规则、操作不当等过错行为，那么公司的停职处理可能是合理合法的。在这种情况下，司机应当先接受公司的处理决定，同时可以要求公司出具书面的停职通知，明确停职的原因、期限等内容。
- 规定不合理合法或司机无过错：要是公司的规章制度或者劳动合同中的相关规定本身就不合理合法，例如规定只要发生交通事故就停职，而不考虑事故的责任划分和司机的过错程度，或者司机在事故中并没有过错，是由于车辆本身存在严重的安全隐患（如刹车失灵、轮胎爆胎等）导致事故发生，那么公司的停职处理就是缺乏依据的。司机可以与公司进行沟通协商，要求公司撤销停职决定，恢复工作。如果公司拒绝，司机可以向劳动监察部门投诉，由劳动监察部门对公司进行调查处理，责令公司改正。
若公司规章制度或劳动合同中没有明确规定
- 公司可基于管理权进行适当处理：即使公司的规章制度和劳动合同中没有关于此类情况的具体规定，公司基于其管理权，为了调查事故原因、评估司机的责任以及避免可能的风险等，可以对司机进行暂时停职处理。但这种停职应当是合理的、必要的，并且期限不宜过长。公司应当在停职期间尽快完成相关的调查工作，根据调查结果作出进一步的处理决定。
- 司机有权要求合理对待：司机在这种情况下也有权利要求公司说明停职的理由和依据，并且要求公司在合理的时间内恢复工作或者给出明确的处理结果。如果公司无正当理由长时间停职司机，导致司机的工资收入等权益受到损害，司机可以通过申请劳动仲裁等方式，要求公司支付停职期间的工资、赔偿损失等。
关于事故责任的进一步说明
在交通事故中，虽然司机被认定全责，但如果是由于公司车辆存在质量问题（如车辆未按规定进行维护保养、存在制造缺陷等）导致事故发生，司机在一定程度上也是受害者。司机可以在承担交通事故的赔偿责任后，依据相关法律规定向公司追偿。例如，根据《民法典》第一千二百零九条规定，因租赁、借用等情形机动车所有人、管理人与使用人不是同一人时，发生交通事故造成损害，属于该机动车一方责任的，由机动车使用人承担赔偿责任；机动车所有人、管理人对损害的发生有过错的，承担相应的赔偿责任。在公司车辆存在质量问题的情况下，公司作为车辆的管理人，对事故的发生存在过错，应当承担相应的赔偿责任，司机在赔偿后可以向公司追偿其应当承担的部分。
建议：司机可以先与公司进行友好沟通，了解公司停职的具体原因和依据，同时收集相关证据，如交通事故认定书、车辆维护保养记录等，以维护自己的合法权益。如果沟通无果，可以寻求劳动仲裁或者法律诉讼等途径解决争议。如果你还有其他疑问或需要进一步的帮助，随时都可以问我。