不定时工作制下双方约定支付加班费是合法的，但具体是否支付及支付标准需依据实际情况和相关法律法规综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

法律法规层面

根据《工资支付暂行规定》第十三条，实行不定时工作制的劳动者，不执行关于加班工资支付的相关规定。但这并不意味着不定时工作制下的劳动者就完全不能获得加班费，关键在于双方是否有约定以及约定是否合法合理。如果用人单位与劳动者在不定时工作制下，通过劳动合同、集体合同或者规章制度等形式，明确约定了加班费的支付条件和标准，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么这种约定就是有效的，用人单位应当按照约定支付加班费。

实际操作层面

1. 约定优先：在不定时工作制下，如果双方明确约定了加班费的支付，那么用人单位应当遵循约定支付。这种约定可以是对特定情况下加班的补偿，也可以是对所有加班情况的统一规定。

2. 无约定情况：如果双方没有约定加班费，那么根据现行法律法规，不定时工作制的劳动者通常不享受加班费。但这并不意味着用人单位可以随意安排劳动者加班而不给予任何补偿。用人单位仍然需要遵守劳动法关于工作时间和休息休假的规定，确保劳动者的身心健康。

3. 约定合法性：双方约定的加班费支付条件和标准必须合法合理。例如，约定的加班费支付标准不能低于当地最低工资标准，也不能违反其他相关法律法规的规定。如果约定违法，那么该约定将被视为无效，用人单位仍然需要按照法律法规的规定支付加班费。

风险提示与建议

1. 对劳动者的建议：

   • 在签订劳动合同时，务必仔细阅读关于工作时间和加班费的条款，确保自己的权益得到保障。
   • 如果用人单位提出不定时工作制，并声称不支付加班费，可以要求用人单位明确说明并写入劳动合同。
   • 如果发现用人单位违反约定或法律法规不支付加班费，可以及时向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。

2. 对用人单位的建议：

   • 在实行不定时工作制时，应当与劳动者充分沟通并明确约定加班费的支付条件和标准。
   • 确保约定的加班费支付标准合法合理，避免引发劳动争议。
   • 遵守劳动法关于工作时间和休息休假的规定，保障劳动者的身心健康。

在实际操作中，如果双方对不定时工作制下的加班费支付有争议，可以通过劳动争议调解仲裁机构进行调解或仲裁，也可以向人民法院提起诉讼。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。