结论：自己申请工伤单位不配合，在申请工伤认定过程中超过了停工留薪期不上班，一般并不直接构成违法，但具体情况需结合实际来判断。以下从多个角度为你详细分析：
一、关于停工留薪期
停工留薪期是职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的期限。在这个期限内，用人单位应按月支付工伤职工原工资福利待遇，且职工一般无需上班。停工留薪期的具体期限通常根据工伤职工的伤情和医院的诊断证明来确定，一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
二、超过停工留薪期不上班的情况
若工伤尚未痊愈，需要继续治疗：
- 在这种情况下，即使超过了停工留薪期，职工也有权继续治疗，并可以向用人单位说明情况，提供医疗证明。用人单位应当理解并支持职工的治疗，不应强制要求职工上班。如果用人单位因此解除劳动合同或采取其他不利措施，可能构成违法。
若工伤已经痊愈，但职工拒绝上班：
- 如果工伤已经痊愈，且医生出具了可以恢复工作的证明，但职工仍然拒绝上班，那么这种情况可能构成旷工。旷工是违反用人单位规章制度的行为，用人单位有权根据规章制度进行处理，包括警告、罚款、解除劳动合同等。但需要注意的是，用人单位在处理旷工问题时，应当遵循合法、合理、公正的原则，不得滥用权力。
关于单位不配合申请工伤认定：
- 如果单位不配合申请工伤认定，职工可以自行向社会保险行政部门提出工伤认定申请。根据《工伤保险条例》的规定，用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。因此，单位不配合并不影响职工自行申请工伤认定的权利。
三、法律建议
保留证据：
- 在申请工伤认定和与单位沟通的过程中，务必保留好相关证据，如医疗证明、工伤认定申请表、与单位的沟通记录等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。
及时沟通：
- 与单位保持及时、有效的沟通，说明自己的情况和需求。如果单位不配合或存在其他违法行为，可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
依法维权：
- 如果自己的权益受到侵害，不要害怕或退缩，要依法维权。可以通过劳动仲裁、诉讼等法律途径来维护自己的合法权益。
最后，工伤问题涉及职工的切身利益，务必谨慎对待。如果你在处理工伤问题的过程中遇到任何疑问或困难，都可以直接向我咨询，我会尽我所能为你提供专业的法律帮助。