以房抵工程款协议若因隐瞒非法转让划拨土地使用权，该协议一般会被认定为无效。以下从多个角度为你详细分析：
法律背景与规定
根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第四十条的规定，以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当按照国务院规定，报有批准权的人民政府审批。有批准权的人民政府准予转让的，应当由受让方办理土地使用权出让手续，并依照国家有关规定缴纳土地使用权出让金。若未经批准，擅自转让划拨土地使用权，则属于违法行为。
协议无效的情形
违反法律强制性规定：
- 如果以房抵工程款协议中涉及的房屋所占用的土地是划拨土地，且转让时未经有批准权的人民政府审批，那么该协议就违反了法律的强制性规定。
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。因此，在这种情况下，以房抵工程款协议会被认定为无效。
恶意串通损害国家利益：
- 如果协议双方在签订以房抵工程款协议时，明知土地使用权是划拨的且未经批准转让，却仍然故意隐瞒这一事实，以规避法律监管和税费缴纳，那么这种行为可能构成恶意串通损害国家利益。
- 根据《中华人民共和国民法典》的规定，恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的民事法律行为无效。因此，在这种情况下，协议同样会被认定为无效。
法律后果与建议
协议无效的法律后果：
- 如果以房抵工程款协议被认定为无效，那么协议双方基于该协议所取得的财产应当相互返还。
- 如果因协议无效给一方造成损失的，有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失。如果双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
建议：
- 在签订以房抵工程款协议前，务必对房屋所占用的土地使用权性质进行调查了解。如果土地是划拨的，应当确保转让行为已经获得有批准权的人民政府的审批。
- 如果对土地使用权性质或转让程序存在疑问，建议咨询专业律师或相关部门，以确保协议的合法性和有效性。
- 如果已经签订了涉及非法转让划拨土地使用权的以房抵工程款协议，建议尽快与对方协商解决，并寻求法律途径维护自己的合法权益。
在处理涉及房产和土地使用权的法律问题时，务必谨慎行事，确保所有行为都符合法律法规的规定。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。