以非法转让划拨土地使用权的房产抵工程款，该行为在法律上通常是无效的，且可能面临一系列法律后果。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律背景与规定
划拨土地使用权的性质：
- 划拨土地使用权是指县级以上人民政府依法批准，在土地使用者缴纳补偿、安置等费用后将该幅土地交付其使用，或者将土地使用权无偿交付给土地使用者使用的行为。这种土地使用权通常用于公益事业、国家重点扶持的能源、交通、水利等基础设施项目等。
非法转让划拨土地使用权的法律后果：
- 根据《中华人民共和国城市房地产管理法》等相关法律法规，非法转让划拨土地使用权的，由县级以上人民政府土地管理部门没收违法所得，可以并处罚款。同时，该转让行为在法律上通常被认定为无效。
二、以非法转让房产抵工程款的法律效力
房产来源的非法性：
- 如果房产是基于非法转让的划拨土地使用权而建设的，那么该房产的来源本身就存在法律问题。根据“房地一体”原则，土地使用权和房屋所有权是紧密相连的，土地使用权的非法性会直接影响到房屋所有权的合法性。
抵工程款行为的效力：
- 由于房产来源的非法性，以该房产抵工程款的行为在法律上通常被认定为无效。这种无效性不仅体现在房产转让合同的无效上，还可能影响到与该房产相关的其他法律行为的效力，如抵押、租赁等。
三、可能的法律后果
合同无效的后果：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。因此，以非法转让的房产抵工程款的合同一旦被认定为无效，双方当事人需要恢复到合同签订前的状态，即工程款需要重新结算，房产需要返还或进行其他合法处理。
行政处罚与刑事责任：
- 非法转让划拨土地使用权的行为除了可能导致合同无效外，还可能面临行政处罚，如没收违法所得、罚款等。在严重情况下，如果构成犯罪，还可能被追究刑事责任。
四、建议与措施
核实房产来源：
- 在接受以房产抵工程款的方式时，务必核实房产的来源是否合法，特别是要确认土地使用权的性质是否为划拨以及是否经过合法转让。
咨询专业律师：
- 由于涉及复杂的法律问题，建议在处理此类事务时咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律建议，帮助当事人规避法律风险。
寻求合法解决方案：
- 如果发现房产来源存在法律问题，应及时与对方协商寻求合法解决方案，如重新签订合法有效的合同、选择其他合法财产进行抵偿等。
总结来说，以非法转让划拨土地使用权的房产抵工程款的行为在法律上通常是无效的，并可能面临一系列法律后果。因此，在处理此类事务时务必谨慎行事，并咨询专业律师的意见以确保合法合规。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。