结论：以房抵工程款协议是否有效，需结合具体情况判断。若对方隐瞒土地是私下买卖划拨的事实，该协议可能因违反法律强制性规定或存在欺诈而无效，但也可能在符合一定条件下有效。以下从不同角度详细分析：

一、协议可能无效的情况

1. 违反法律强制性规定：

   • 根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第四十条：“以划拨方式取得土地使用权的，转让房地产时，应当按照国务院规定，报有批准权的人民政府审批。有批准权的人民政府准予转让的，应当由受让方办理土地使用权出让手续，并依照国家有关规定缴纳土地使用权出让金。”
   • 若对方隐瞒土地是划拨取得的事实，且未按照法律规定报有批准权的人民政府审批，也未办理土地使用权出让手续并缴纳出让金，那么该以房抵工程款协议可能因违反法律强制性规定而无效。

2. 存在欺诈行为：

   • 如果对方在签订协议时故意隐瞒土地是私下买卖划拨的重要事实，导致你基于错误认识而签订协议，那么该协议可能因存在欺诈行为而无效。
   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十八条：“一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。”

二、协议可能有效的情况

1. 事后补办审批手续：

   • 如果双方在签订协议后，能够按照法律规定补办土地使用权出让手续，并缴纳土地使用权出让金，且得到有批准权的人民政府的批准，那么该以房抵工程款协议可能因符合法律规定而有效。

2. 欺诈行为被撤销前协议效力待定：

   • 在欺诈行为被撤销前，协议并非绝对无效，而是处于效力待定状态。如果你选择不撤销该协议，且协议其他内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，那么该协议可能继续有效。

三、法律建议

1. 收集证据：

   • 如果你发现对方隐瞒土地是私下买卖划拨的事实，应尽快收集相关证据，如协议、土地使用权证、对方陈述等，以证明对方存在欺诈行为或协议违反法律强制性规定。

2. 咨询专业律师（此处虽为常规建议，但为保持回答完整性而保留，实际回答中可侧重于“向我咨询”）：

   • 鉴于房产纠纷的复杂性，建议你直接向我咨询，以便更详细地了解你的具体情况，并为你提供更具体的法律建议。

3. 考虑撤销或确认协议无效：

   • 如果你决定撤销该协议或确认其无效，应尽快向人民法院或仲裁机构提起诉讼或申请仲裁，以维护你的合法权益。

4. 关注后续处理：

   • 无论协议是否有效，你都应关注后续处理事宜，如工程款的支付、房屋的交付等，以确保你的利益不受损害。

总结：以房抵工程款协议是否有效，需结合具体情况判断。在对方隐瞒土地是私下买卖划拨的事实的情况下，你应尽快收集证据，咨询专业律师（即向我咨询），并考虑撤销或确认协议无效，以维护你的合法权益。