以房抵工程款协议若因违反强制性规定，其效力可能会受到影响，具体需根据违反的强制性规定的性质及后果来判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、违反效力性强制性规定的情形
如果以房抵工程款协议违反的是效力性强制性规定，那么该协议通常会被认定为无效。效力性强制性规定是指直接关涉国家利益、社会公共利益或第三人利益，对合同的效力产生决定性影响的强制性规定。例如，若协议涉及非法转让国有土地使用权、违反房地产调控政策等，这些均可能构成效力性强制性规定的违反，导致协议无效。
法律后果：协议无效后，双方应恢复原状，即返还因协议取得的财产。若无法返还或没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方还应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。在工程款纠纷中，这可能意味着承包方需要返还房屋，而发包方则需要支付相应的工程款及可能的利息或损失赔偿。
二、违反管理性强制性规定的情形
如果以房抵工程款协议违反的是管理性强制性规定，那么该协议并不必然无效。管理性强制性规定主要关注的是合同履行过程中的合规性，如合同的登记、备案等要求，而非直接关涉合同效力。
法律后果：在这种情况下，协议可能仍然有效，但双方需要承担因违反管理性规定而可能产生的行政责任或其他法律责任。例如，若协议未按照相关规定进行登记或备案，双方可能需要补办相关手续或接受行政处罚，但这并不影响协议本身的效力。
三、特殊情形下的协议效力
双方明知且自愿：如果双方在签订以房抵工程款协议时，均明知该协议可能违反某些强制性规定，但仍然自愿签订，且该协议并未损害国家利益、社会公共利益或第三人利益，那么在某些情况下，法院可能会基于意思自治原则，认定该协议有效。但这种情况较为特殊，且需要严格的法律分析和判断。
部分无效：如果以房抵工程款协议中，仅部分条款违反了强制性规定，而其他条款仍然合法有效，那么法院可能会认定该协议部分无效，而其他部分继续有效。这要求法院对协议进行细致的分析和判断，以确定哪些条款违反了强制性规定，哪些条款仍然合法有效。
四、建议与措施
审查协议内容：在签订以房抵工程款协议前，双方应仔细审查协议内容，确保不违反任何强制性规定。特别是要关注与房地产转让、工程款支付等相关的法律法规和政策要求。
咨询专业律师：由于法律问题的复杂性和专业性，建议在签订协议前咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供法律分析和建议，帮助双方规避法律风险。
及时补办手续：如果协议已经签订但发现存在违反管理性强制性规定的情况，双方应及时补办相关手续或接受行政处罚，以避免因违反规定而产生的法律责任。
保留证据：在协议履行过程中，双方应保留好相关证据，如协议文本、支付凭证、房屋交付证明等。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。
如果你在工程款纠纷或以房抵工程款协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。