结论：建设工程合同无效时，约定的以房抵顶工程款的条款是否有效，需根据具体情况判断，若该条款系双方真实意思表示且不违反法律强制性规定，则可能被认定为有效；若存在恶意串通、损害他人利益等情形，则可能被认定为无效。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同无效的一般原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。建设工程合同若因违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗等原因被认定为无效，那么合同中的大部分条款也将失去法律效力。然而，这并不意味着合同中的所有条款都绝对无效，特别是那些可以独立存在、不依赖于合同其他部分效力的条款。
二、以房抵顶工程款条款的独立性
真实意思表示：如果以房抵顶工程款的条款是双方当事人在签订建设工程合同时的真实意思表示，且该条款本身不违反法律、行政法规的强制性规定，那么即使建设工程合同整体无效，该条款也可能因具有独立性而被认定为有效。这是因为，该条款可能被视为双方对工程款支付方式的一种特别约定，不依赖于合同其他部分的效力。
恶意串通或损害他人利益：如果双方当事人在签订以房抵顶工程款条款时存在恶意串通、损害国家、集体或第三人利益等情形，那么该条款将被认定为无效。这是因为，恶意串通或损害他人利益的行为违反了法律的强制性规定和公序良俗，不受法律保护。
三、司法实践中的考量因素
在司法实践中，法院在判断以房抵顶工程款条款是否有效时，通常会综合考虑以下因素：
条款的独立性：法院会审查该条款是否可以独立于建设工程合同的其他部分而存在，以及是否依赖于合同其他部分的效力。
双方的真实意思表示：法院会关注双方当事人在签订该条款时的真实意图，以及是否存在欺诈、胁迫等情形。
法律强制性规定：法院会审查该条款是否违反了法律、行政法规的强制性规定，以及是否违背了公序良俗。
实际履行情况：如果双方当事人已经按照以房抵顶工程款的条款进行了实际履行，且没有损害国家、集体或第三人的利益，那么法院可能会倾向于认定该条款有效。
四、法律建议
审查合同条款：在签订建设工程合同时，双方应仔细审查合同条款，特别是关于工程款支付方式的条款，确保条款的合法性和有效性。
保留证据：双方应保留好与合同签订和履行相关的所有证据，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
及时咨询律师：如果双方对合同条款的效力存在疑问或发生纠纷，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律意见和帮助。
举例说明：假设甲乙双方签订了一份建设工程合同，约定由乙方承建甲方的工程项目，并以甲方名下的一套房产作为工程款的支付方式。后来，该建设工程合同因违反法律强制性规定被认定为无效。但在此之前，双方已经按照以房抵顶工程款的条款进行了实际履行，且没有损害国家、集体或第三人的利益。在这种情况下，法院可能会倾向于认定以房抵顶工程款的条款有效。
进一步思考：在处理类似案件时，除了考虑合同条款的独立性和双方的真实意思表示外，还需要关注实际履行情况、是否存在恶意串通或损害他人利益等情形。因此，在签订和履行建设工程合同时，双方应谨慎行事，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。