结论：市场监管立案后企业被注销，可通过向法院起诉、申请恢复企业主体资格或追究股东、清算义务人责任等方式来应对，具体取决于不同情况。以下为详细分析：

1. 向法院起诉并申请变更被告
   • 如果市场监管部门已经立案，且案件处于调查或诉讼过程中企业被注销，此时企业的民事主体资格已经消灭。但企业的注销并不意味着相关责任就完全免除。如果市场监管部门的立案涉及行政处罚等行政行为，相关利害关系人（如消费者、竞争对手等）可以向法院起诉。在诉讼过程中，可以将企业的股东、发起人或者出资人作为被告。因为根据法律规定，公司注销后，其股东、发起人或者出资人有可能需要承担相应的法律责任。例如，如果企业是因为违法经营被立案，而在注销过程中存在隐瞒重要事实、逃避债务等情形，股东就可能被追究责任。
   • 法院会根据具体情况审查企业注销的合法性以及股东等是否应承担责任。如果认定股东等存在过错，可能会判决其承担相应的法律后果，如罚款、赔偿损失等。
2. 申请恢复企业主体资格（特殊情况）
   • 在某些特殊情况下，如果企业注销存在重大瑕疵，例如未经合法清算程序、存在恶意注销等行为，利害关系人可以向法院申请恢复企业的主体资格。这通常需要提供充分的证据证明企业注销行为违法或不当，严重损害了利害关系人的合法权益。
   • 一旦法院裁定恢复企业主体资格，市场监管部门就可以继续对该企业进行立案调查和处理，按照正常的行政程序作出相应的行政处罚决定。
3. 追究股东、清算义务人的责任
   • 企业注销前应当依法进行清算。如果清算义务人（通常是公司的董事、控股股东等）未依法履行清算义务，导致企业财产贬值、流失、毁损或者灭失，或者在公司解散后恶意处置公司财产给债权人造成损失，或者未经依法清算，以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记等情形，债权人有权要求清算义务人承担赔偿责任。
   • 在市场监管立案后企业注销的情况下，如果发现清算义务人存在上述违法行为，市场监管部门或者其他利害关系人可以依法追究其责任。例如，要求清算义务人赔偿因企业违法经营给社会公共利益造成的损失等。