公司在被市场监管部门立案调查期间，一般不能进行注销。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、法律程序上的限制
立案调查期间的法律地位：
- 当公司被市场监管部门立案调查时，意味着公司可能涉及违法违规行为，需要接受相关部门的调查和审查。在此期间，公司的法律地位和经营状态都可能受到一定限制。
注销的法定条件：
- 根据《公司法》及相关规定，公司注销需要满足一系列法定条件，如完成清算程序、清偿债务、缴纳税款等。在立案调查期间，公司可能无法满足这些条件，因为调查可能涉及公司的财务状况、经营行为等，这些都需要在调查结束后才能明确。
注销与调查的关系：
- 如果公司在立案调查期间注销，可能会干扰调查的进行，导致调查无法全面、公正地进行。此外，注销后公司的法律主体资格消失，可能使得调查无法继续，从而损害相关利益方的权益。
二、实际操作中的困难
市场监管部门的意见：
- 在公司申请注销时，市场监管部门作为对公司进行监管的机构，其意见至关重要。如果公司正在被立案调查，市场监管部门很可能会出具不同意注销的意见，因为注销可能影响调查的进行和结果的公正性。
工商部门的审查：
- 工商部门在办理公司注销登记时，会严格审查公司的相关情况和资料。如果发现公司正在被立案调查，工商部门很可能会拒绝办理注销登记，以避免潜在的法律风险和责任。
三、法律后果与风险
注销无效：
- 如果公司在立案调查期间擅自注销，可能会面临注销无效的风险。一旦调查结束并确认公司存在违法违规行为，相关部门可能会撤销注销登记，恢复公司的法律主体资格，并追究其法律责任。
法律责任加重：
- 在立案调查期间注销公司，还可能被视为逃避法律责任的行为。这可能会加重公司的法律责任，包括罚款、吊销营业执照等更严重的处罚。
四、建议与措施
配合调查：
- 如果公司正在被市场监管部门立案调查，建议公司积极配合调查工作，提供必要的资料和证据，以尽快查明事实真相。
暂缓注销：
- 在调查期间，公司应暂缓注销申请，等待调查结果出来后再根据实际情况决定是否注销。
咨询专业律师：
- 如果公司对注销问题存在疑问或需要进一步的法律指导，建议咨询专业律师。作为专业律师，我可以根据公司具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。
综上所述，公司在被市场监管部门立案调查期间一般不能进行注销。为了保障公司的合法权益和避免潜在的法律风险，建议公司在调查期间积极配合调查工作，并暂缓注销申请。如有任何法律问题或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。