公司被刑事立案后，一般情况下是不能注销的。这主要基于以下法律程序和监管角度的考虑：
法律程序方面：
- 在公司被刑事立案后的侦查、起诉、审判等阶段，公司仍有承担法律责任的可能性。例如，若存在刑事附带民事诉讼的情况，公司注销将导致被害人的民事赔偿诉求难以实现，这不利于保障受害者的合法权益。
- 因此，为了确保法律程序的顺利进行和受害者权益的保障，相关部门通常不会允许公司在刑事立案期间办理注销手续。
监管角度考虑：
- 相关部门为了查明案件事实、追究相关责任，会对公司采取限制措施，避免公司通过注销来逃避应承担的法律责任。
- 不过，也存在特殊情况。若公司能够证明自身确实没有违法犯罪行为，与刑事立案无关，并且经过相关部门审核后符合一定条件，也有可能被允许注销。但这种情况相对较少，且需要严格的审核程序。
特殊情况与处理建议：
- 若公司确实面临运营困境，且认为注销是止损的最佳方式，建议公司首先与相关部门沟通，了解是否有可能在特定条件下获得注销许可。
- 同时，公司应积极配合刑事案件的调查和处理工作，确保案件能够尽快结案。一旦案件处理完毕，且公司无其他未了结的法律纠纷，可以按照正常程序申请注销。
法律后果与风险提示：
- 若公司在刑事立案期间擅自注销，可能面临法律责任和监管处罚。此外，注销后若发现之前存在未了结的债务纠纷等情况，相关责任人仍可能被追究责任。
- 因此，建议公司在考虑注销前务必咨询专业律师或法律顾问的意见，确保决策符合法律法规要求并降低法律风险。
综上所述，公司被刑事立案后一般不能注销，需等待案件处理完毕并根据最终结果及相关部门的决定来确定能否依法办理注销手续。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。