庭审笔录中双方确认的无效的股权转让协议，并不当然意味着该协议就绝对无效，其最终是否无效需由法院根据具体情况进行判定。以下从不同角度为你详细分析：

法律判定依据

1. 违反法律强制性规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。如果股权转让协议在签订过程中违反了如股东优先购买权、股权转让程序等《公司法》的强制性规定，或者违反了其他相关法律法规，如未办理必要的审批手续等，那么该协议可能因违法而无效。
   • 举例：若协议未通知其他股东行使优先购买权，就擅自将股权转让给第三方，这严重损害了其他股东的合法权益，破坏了公司的人合性和稳定性，该协议就可能因违法而被认定为无效。

2. 意思表示不真实：

   • 根据《民法典》第一百四十八条和第一百五十条，如果一方以欺诈或胁迫手段使对方在违背真实意思的情况下签订股权转让协议，那么受欺诈或胁迫方有权请求法院或仲裁机构撤销该协议。一旦撤销，协议自始无效。
   • 举例：若被告在签订协议前故意隐瞒公司的重要财务信息和经营状况，导致原告在误解的情况下签订了协议，那么原告就有权请求撤销该协议，并主张其无效。

3. 损害第三人合法权益：

   • 根据《民法典》第一百五十四条，如果股权转让协议的签订损害了第三人的合法权益，如第三人的优先购买权等，那么即使原、被告之间不存在恶意串通，该协议也可能因损害第三人利益而被认定为无效。

庭审笔录的作用

庭审笔录是法院审理案件过程中，记录当事人陈述、证人证言、辩论意见等内容的书面材料。虽然双方在庭审笔录中确认了股权转让协议无效，但这只是双方的一种陈述或意见，并不具有直接的法律效力。法院在判定协议是否无效时，会综合考虑上述法律判定依据，以及庭审笔录中的相关内容，但并不会仅仅依据庭审笔录中的确认就判定协议无效。

可能的法律后果

1. 如果协议被判定无效：

   • 根据《民法典》第一百五十七条，被告应当返还原告已支付的款项，并赔偿由此造成的损失。这包括股权转让款、因协议无效而产生的其他直接损失等。

2. 如果协议被判定有效：

   • 那么双方就需要按照协议的约定履行各自的义务。如果一方不履行或履行不符合约定，另一方就有权要求其承担违约责任。

建议：在涉及股权转让协议无效的纠纷中，建议你及时收集并整理相关证据材料，如协议文本、庭审笔录、相关法律法规等，以便在法院审理过程中充分维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。