结论：使用已经承认无效的股权转让协议去起诉对方，一般情况下法院不会立案，但具体还需结合实际情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律原则与规定
无效合同的基本原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。这意味着，一旦合同被认定为无效，它就不具备任何法律效力，包括作为起诉依据的效力。
起诉的条件：
- 起诉需要满足一定的条件，包括原告与本案有直接利害关系、有明确的被告、有具体的诉讼请求和事实、理由，以及属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。使用无效的股权转让协议作为起诉依据，显然不符合“有具体的诉讼请求和事实、理由”这一条件，因为无效的协议无法证明任何有效的法律关系或权益。
二、实际操作与法院态度
法院立案审查：
- 在立案阶段，法院会对起诉材料进行初步审查，包括起诉状的合法性、证据的充分性等。如果原告提交的是已经承认无效的股权转让协议，法院很可能会认为该协议无法作为有效的起诉依据，从而不予立案。
例外情况：
- 尽管一般情况下使用无效协议起诉不会被立案，但也存在例外情况。例如，如果原告能够证明在协议无效之前，被告已经基于该协议获得了某些不当利益，或者原告因被告的行为遭受了损失，且这些损失与无效协议有直接关联，那么原告可能有机会通过其他法律途径（如不当得利返还、侵权责任等）来维护自己的权益。但这种情况下，起诉的依据将不再是无效的股权转让协议本身，而是基于其他法律关系和事实。
三、建议与策略
重新审视案件事实：
- 如果原告认为自己的权益受到了侵害，但基于的股权转让协议已被认定为无效，那么原告应该重新审视案件事实，寻找其他可能的法律关系和证据来支持自己的诉讼请求。
咨询专业律师：
- 在这种情况下，咨询专业律师是至关重要的。律师可以根据案件的具体情况，为原告提供专业的法律意见和建议，帮助原告制定合适的诉讼策略。
考虑其他法律途径：
- 如果基于无效协议的起诉不可行，原告可以考虑通过其他法律途径来维护自己的权益，如提起侵权责任诉讼、不当得利返还诉讼等。
总结：使用已经承认无效的股权转让协议去起诉对方，在一般情况下法院不会立案。但原告可以根据案件的具体情况，重新审视事实、咨询专业律师，并考虑其他法律途径来维护自己的权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。