股权转让协议已进行工商变更登记，并不直接决定该合同是否无效，合同效力需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、股权转让合同的效力基础
合同成立与生效：
- 股权转让合同是双方当事人以转让股权为目的，就出让方交付股权并收取价金，受让方支付价金得到股权达成的意思表示。
- 根据《民法典》的相关规定，依法成立的合同，自成立时生效（法律另有规定或当事人另有约定的除外）。因此，股权转让合同一旦满足合同成立的要件，如双方当事人意思表示一致、具备相应的民事行为能力、不违反法律法规的强制性规定等，即具有法律效力。
合同效力与工商登记的关系：
- 股权转让合同的效力并不依赖于工商登记的完成。即使未办理工商变更登记，只要合同符合法律规定的生效要件，该合同仍然有效。
- 工商登记是股权转让的公示手段，用于确认公司股东身份的变更，但它并非股权转让合同的生效条件。
二、合同无效的情形
股权转让合同可能因以下情形而被认定为无效：
- 欺诈、胁迫：如果一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益，该合同无效。
- 恶意串通：双方恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益的，合同无效。
- 以合法形式掩盖非法目的：如果合同是以合法形式掩盖非法目的，如逃避税收、洗钱等，该合同无效。
- 损害社会公共利益：合同内容损害社会公共利益的，如涉及赌博、贩毒等违法活动，合同无效。
- 违反法律、行政法规的强制性规定：如果合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，如违反公司法关于股权转让的限制性规定，该合同可能无效。
三、工商变更登记后的合同效力
登记的性质与作用：
- 工商变更登记是公司变更股东、注册资本等重要事项的法定程序。通过登记，可以确保公司信息的准确性和透明度，保护交易安全。
- 工商变更登记具有对抗第三人的效力。未经登记的事项，不得对抗善意第三人。
登记与合同效力的关系：
- 即使股权转让协议已经进行了工商变更登记，如果合同本身存在上述无效情形，该合同仍然可能被认定为无效。
- 工商变更登记只是确认了股权转让的事实，但并不能改变合同本身的效力。如果合同无效，即使已经完成了工商变更登记，受让人也可能无法完全取得股东资格和行使股东权利。
四、法律建议
- 审查合同内容：在签订股权转让协议前，双方应仔细审查合同内容，确保合同不违反法律法规的强制性规定，不存在欺诈、胁迫等无效情形。
- 办理工商变更登记：虽然工商变更登记不是合同生效的条件，但它是确认股权转让事实、保护交易安全的重要手段。因此，在签订股权转让协议后，双方应及时办理工商变更登记。
- 寻求法律帮助：如果双方对股权转让协议的效力存在争议，或者遇到其他法律问题，应及时寻求专业律师的帮助，以维护自己的合法权益。
综上所述，股权转让协议已进行工商变更登记并不直接决定该合同是否无效。合同效力需根据具体情况判断，包括合同内容是否合法、是否存在无效情形等。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。