结论：在已变更的股权确认协议无效的情况下，并不必然需要先通过行政诉讼撤销登记，而是可以根据具体情况选择直接提起民事诉讼确认协议无效，或是在特定情形下考虑行政诉讼撤销登记。以下是对此问题的详细分析：

一、民事诉讼途径

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力。若股权转让协议因违反法律、行政法规的强制性规定、违背公序良俗或存在欺诈、胁迫等情形而被确认无效，则该协议自始无效，不受法律保护。

2. 操作流程：

   • 当事人可以直接向人民法院提起民事诉讼，请求确认股权转让协议无效。
   • 法院在审理过程中，会审查协议的内容、签订过程及是否存在无效情形，并据此作出判决。
   • 若法院判决确认协议无效，则股权转让行为自始无效，当事人可以依据判决结果要求恢复原状或进行其他补救措施。

3. 优势：

   • 直接针对协议无效进行诉讼，程序相对简洁明了。
   • 判决结果具有直接的法律效力，可以明确股权的归属和状态。

二、行政诉讼途径（特定情形下考虑）

1. 适用情形：

   • 如果股权变更登记是基于无效的股权转让协议而进行的，且该登记行为本身存在违法或不当之处（如登记机关未尽审查义务、登记内容与实际情况不符等），则当事人可以考虑通过行政诉讼途径请求撤销登记。

2. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。

3. 操作流程：

   • 当事人需要向人民法院提起行政诉讼，请求撤销股权变更登记行为。
   • 法院在审理过程中，会审查登记行为的合法性、是否尽到审查义务等，并据此作出判决。
   • 若法院判决撤销登记行为，则股权变更登记自始无效，当事人可以依据判决结果要求恢复原状或进行其他补救措施。但需注意，行政诉讼的提起并不影响民事诉讼中关于协议无效的审理和判决，两者可以并行不悖。

4. 注意事项：

   • 行政诉讼并非解决股权转让协议无效问题的首选途径，而是在特定情形下（如登记行为违法或不当）的一种补充手段。
   • 提起行政诉讼需要满足一定的条件，如存在具体的行政行为、该行为侵犯了当事人的合法权益等。

三、综合建议

1. 优先选择民事诉讼：在大多数情况下，当事人应优先选择通过民事诉讼途径确认股权转让协议无效。这可以直接解决协议无效的问题，并明确股权的归属和状态。
2. 考虑行政诉讼的补充性：如果股权变更登记行为本身存在违法或不当之处，且该行为对当事人的合法权益造成了实际影响，则当事人可以在提起民事诉讼的同时或之后考虑提起行政诉讼，以请求撤销登记行为。但需注意，行政诉讼的提起并不影响民事诉讼的审理和判决。
3. 及时咨询专业律师：由于股权转让和登记涉及复杂的法律问题和程序要求，当事人在处理此类问题时应及时咨询专业律师的意见和建议，以确保自身权益得到有效维护。

四、可能面临的法律后果

1. 若协议被确认无效：股权转让行为自始无效，当事人可以依据判决结果要求恢复原状（如返还股权、退还转让款等）或进行其他补救措施（如赔偿损失等）。
2. 若登记行为被撤销：股权变更登记自始无效，股权状态恢复至登记前的状态。但需注意，撤销登记行为并不影响民事诉讼中关于协议无效的审理和判决结果。

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