工商局已备案的股权转让协议具有法律效力。以下从多个角度为你详细分析：
法律效力基础
根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条的规定，一个民事法律行为要有效，必须满足以下条件：行为人具有相应的民事行为能力；意思表示真实；不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。股权转让协议作为一种民事法律行为，同样适用这一规定。因此，只要股权转让协议的双方当事人都具备完全民事行为能力，协议内容是他们真实意思的表示，且没有违反任何法律法规的强制性规定或公序良俗，那么这份协议就是合法有效的。工商局备案只是对这一有效协议的行政确认和公示，并不影响协议本身的法律效力。
工商备案的性质与作用
性质：工商备案是一种行政管理手段，旨在将公司股权变更的情况向工商行政管理部门进行登记备案，以便工商部门对公司股权结构等信息进行管理和公示。
作用：虽然工商备案不影响股权转让协议的效力，但它具有重要的对抗效力和公示效力。根据《中华人民共和国公司法》第三十二条第三款的规定，公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。这意味着，如果股权转让进行了工商备案，当出现第三人对该股权主张权利时，已备案的股权受让人可以以其与出让人之间的股权转让协议及工商备案登记来对抗该第三人，维护自己的合法权益。
实际影响与案例
以具体案例来说明，假设A将其持有的公司股权转让给B，并签订了股权转让协议，同时办理了工商备案。之后，如果A又将该股权转让给不知情的C，并试图办理工商备案登记，由于B已经完成了工商备案，C将无法成功办理，且B可以基于工商登记的公示效力，主张自己是合法的股权受让人。相反，如果A与B之间的股权转让没有进行工商备案，而A又将股权转让给C并办理了备案，那么C可能会被认定为合法的股权受让人，B虽然可以依据股权转让协议要求A承担违约责任，但将无法主张该股权的所有权。
法律建议
鉴于工商备案对股权转让的对抗效力和公示效力的重要性，我建议你：
及时办理工商备案：在签订股权转让协议后，尽快按照相关规定办理工商变更登记手续，以确保交易的安全和稳定。
保留相关证据：在办理工商备案过程中，保留好所有相关的文件和证据，如股权转让协议、股东会决议、公司章程修正案等，以备不时之需。
咨询专业意见：如果在办理过程中遇到任何问题或纠纷，及时向我咨询，我将为你提供具体的法律建议和帮助。
希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他关于公司法务、股权转让等方面的问题，欢迎随时向我咨询。