股权转让协议已签但没有经过税务局备案，协议本身在法律上是有效的，但可能面临税务合规风险及后续手续办理障碍。以下从不同角度为你详细分析：

1. 协议效力角度
   根据《民法典》第四百九十条，合同自当事人签字或盖章时成立，依法成立的合同自成立时生效（法律另有规定或当事人另有约定除外）。股权转让协议属于民事合同，只要满足：

   • 双方具有完全民事行为能力；
     
   • 意思表示真实；
     
   • 不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗；
     协议即具有法律效力，无需以税务局备案为生效条件。即使未备案，转让方仍需履行协议义务（如交付股权），受让方也有权要求对方配合办理变更登记。

2. 税务合规角度
   根据《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》第五条，个人股权转让需在“发生股权变更登记前”或“签订股权转让协议后5个工作日内”，向主管税务机关申报纳税并备案协议。若未履行备案义务：

   • 税务机关可能对转让方按“未申报纳税”追缴税款、滞纳金，甚至处以罚款（《税收征收管理法》第六十二条）；
     
   • 若涉及企业所得税，企业可能面临类似处罚；
     
   • 未完成税务备案可能影响工商变更登记（部分地区要求先完成税务备案才能办理股权变更登记）。

3. 后续风险防范建议

   • 立即补备案：若协议已签订但未备案，应尽快携带协议原件、身份证明、股权证明等材料到税务局补办备案手续，避免滞纳金累积；
     
   • 完善协议条款：在协议中明确约定“双方配合完成税务备案及变更登记的义务”，并设置违约责任条款（如逾期未备案需支付违约金）；
     
   • 留存证据：保存协议签订、付款、沟通记录等证据，以备争议时证明协议真实性及履行情况。

总结：协议有效性与税务备案是两个独立问题，未备案不影响协议效力，但可能引发税务处罚及变更登记障碍。建议尽快补办手续，降低风险。若有其他细节（如协议是否涉及外资、特殊行业等），可进一步向我咨询，我会结合具体场景为你分析。