有合法协议但存在争议的股权转让，其有效性需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从多个角度为你详细分析：
协议内容合法且无争议条款
协议内容合法有效：如果股权转让协议的内容完全符合法律法规的规定，且双方当事人在签订协议时均具备完全民事行为能力，意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议在法律上是有效的。即使后续双方对某些条款的执行或理解存在争议，这并不影响协议本身的法律效力。
争议不影响整体效力：在协议内容合法的前提下，如果争议仅涉及某些非核心条款或细节问题，且这些问题并不足以导致整个协议无效或被撤销，那么股权转让的整体效力通常不会受到影响。双方可以通过协商、调解或诉讼等方式解决争议，但股权转让的效力在争议解决前通常仍然有效。
协议内容存在违法或无效条款
违法条款导致部分无效：如果股权转让协议中存在违反法律法规强制性规定的条款，如违反公司章程关于股权转让的限制、未经其他股东同意擅自转让股权等，那么这些违法条款将被视为无效。然而，这并不意味着整个协议都无效，除非这些违法条款是协议的核心条款或无法与协议其他部分相分离。
无效条款影响整体效力：在某些情况下，如果违法条款是协议的核心条款或与其他条款紧密相连，无法单独分离，那么整个协议的效力可能会受到影响。此时，股权转让可能被视为无效或可撤销，具体取决于违法条款的性质和严重程度。
争议解决方式对效力的影响
协商解决：如果双方能够就争议达成一致意见，并通过协商修改协议或达成补充协议，那么股权转让的效力将根据修改后的协议或补充协议来确定。
调解或诉讼解决：如果双方无法通过协商解决争议，可以寻求调解或提起诉讼。在调解或诉讼过程中，法院或调解机构将对协议的效力进行审查，并根据法律法规和案件事实作出裁决。如果裁决认定协议有效，那么股权转让将继续有效；如果裁决认定协议无效或部分无效，那么股权转让的效力将受到相应影响。
实际操作建议
审查协议内容：在签订股权转让协议前，务必仔细审查协议内容，确保所有条款均符合法律法规的规定，并避免存在违法或无效条款。
明确争议解决方式：在协议中明确约定争议解决方式，如协商、调解或诉讼等，以便在争议发生时能够迅速有效地解决问题。
寻求专业法律意见：如果你对股权转让协议的效力或争议解决方式存在疑问，建议寻求专业律师的法律意见，以确保你的权益得到充分保障。
总之，有合法协议但存在争议的股权转让，其有效性需根据具体情况来判断。如果你面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。