股权转让合同协议不公正并不直接导致其无效，其有效性主要取决于是否符合相关法律法规的规定。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同有效的一般条件
行为人具有相应的民事行为能力：
- 签订股权转让协议的双方必须都具备完全民事行为能力。自然人需达到法定年龄并具备理解行为后果的能力，法人或其他组织应在经营范围和法定权限内签订合同。若一方或双方不具备相应的民事行为能力，则协议可能因主体不适格而无效。
意思表示真实：
- 双方在签订协议时，内心真实意愿与外在表示行为应一致，不存在欺诈、胁迫或重大误解等情况。若协议是在不公正的情况下签订的，如一方利用优势地位迫使另一方接受不公平的条款，这可能构成欺诈或胁迫，从而影响协议的效力。但单纯的不公正并不直接等同于欺诈或胁迫，需要具体分析。
不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：
- 协议内容和形式需符合法律和行政法规的规定，不得违反公共秩序和善良风俗。若协议内容违反法律、行政法规的强制性规定，如国有股权转让未遵循审批程序和交易规则，则协议将因违法而无效。
二、合同无效的情形
无民事行为能力人实施的民事法律行为无效：
- 如未成年人未经法定代理人同意签订的股权转让协议无效。
虚假意思表示导致的无效：
- 若双方并非出于真实转让股权的目的而签订协议，如为逃避债务等非法目的，则协议无效。不公正的协议若被证实为虚假意思表示，也将导致无效。
违反法律法规的强制性规定无效：
- 如前所述，若协议内容违反法律、行政法规的明确规定，将导致协议无效。不公正的协议若涉及违法内容，同样无效。
违背公序良俗的无效：
- 若协议内容损害社会公共利益或他人合法权益，违背公序良俗，则协议无效。不公正的协议若违背公序良俗，也将被认定为无效。
三、不公正协议的特殊处理
可撤销的协议：
- 若协议是在一方利用优势地位或对方缺乏经验的情况下签订的，且显失公平，受损害方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该协议。撤销后，协议自始无效。
部分无效：
- 在某些情况下，尽管股权转让协议中存在部分不公正因素，但若这些不公正因素不影响协议其他部分的效力，那么其他部分仍可独立存在并继续有效。例如，协议中关于价格的约定不公正，但保密条款等其他内容合法且公正，则保密条款等可继续执行。
四、法律建议
审查协议内容：
- 在签订股权转让协议前，双方应仔细审查协议内容，确保符合法律法规的要求，避免存在不公正或违法的条款。
咨询专业律师：
- 如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。我可以提供专业的法律意见，帮助您规避潜在的法律风险。
保留证据：
- 在签订和履行协议过程中，双方应保留相关证据，如邮件、短信、录音等，以备不时之需。这些证据在发生纠纷时可能起到关键作用。
总结来说，股权转让合同协议不公正并不直接导致其无效，但其有效性取决于是否符合相关法律法规的规定。在签订协议前，双方应仔细审查协议内容，并咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。如有任何法律问题，请直接向我咨询。