未在工商备案的股份协议，只要符合法律规定的生效条件，仍然是有效的。不过，工商备案对于股份协议的对抗效力和公示效力具有重要影响，下面我将从多个角度为你详细分析：

股份协议的有效性

根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条的规定，一个民事法律行为要有效，必须满足以下条件：

1. 行为人具有相应的民事行为能力：这意味着签订股份协议的双方必须具备完全民事行为能力，能够理解和承担协议中的权利和义务。

2. 意思表示真实：协议内容必须是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。

3. 不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗：股份协议的内容必须合法合规，不得违反法律法规的强制性规定，也不得违背社会公德和公共秩序。

只要股份协议满足上述条件，即使未进行工商备案，该协议仍然是合法有效的。

工商备案的性质与作用

工商备案是一种行政管理手段，旨在将公司股权变更的情况向工商行政管理部门进行登记备案，以便工商部门对公司股权结构等信息进行管理和公示。虽然工商备案不影响股份协议的效力，但它具有以下重要作用：

1. 对抗效力：根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，未经工商登记的股权变更，不得对抗第三人。这意味着，如果股份转让没有进行工商备案，当出现第三人对该股权主张权利时，未备案的股权受让人可能无法以其与出让人之间的股份协议来对抗该第三人。

2. 公示效力：工商备案具有公示效力，能够向社会公众公示公司的股权结构等信息。这有助于维护交易安全，保护善意第三人的合法权益。

实际影响与建议

实际影响：以具体例子来说明，假设A将其持有的公司股份转让给B，并签订了股份协议，但未办理工商备案。之后，如果A又将该股份转让给不知情的C，并办理了工商备案登记，那么C基于工商登记的公示效力，可能会被认定为合法的股份受让人。在这种情况下，B虽然可以依据股份协议要求A承担违约责任，但将无法主张该股份的所有权。

建议：鉴于工商备案对股份转让的对抗效力和公示效力的重要性，我建议在签订股份协议后，尽快按照相关规定办理工商变更登记手续。这有助于确保交易的安全和稳定，避免不必要的法律纠纷。

如果你在股份协议或工商备案方面遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。