针对您提出的“只有股权转让协议不在工商登记是否有效”的问题，我们可以从法律的角度进行详细分析。
首先，要明确的是，股权转让协议的有效性并不完全依赖于工商登记。根据我国相关法律规定，股权转让协议的有效性主要取决于以下几个关键因素：
当事人真实意思表示：股权转让协议必须是双方当事人真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫等情形。这是协议有效的基本前提。
协议内容合法：股权转让协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。
其他股东同意或默认：在有限责任公司中，股权转让通常需要经过其他股东的同意或默认。这是为了保护公司内部结构的稳定性和其他股东的权益。
接下来，我们谈谈工商登记在股权转让中的作用。工商登记是股权转让的公示方式，它使得股权转让的事实能够对外公开，从而保护善意第三人的利益。然而，工商登记并不是股权转让协议生效的要件。也就是说，即使股权转让协议未经工商登记，只要满足上述三个条件，该协议仍然是有效的。
但需要注意的是，未经工商登记的股权转让协议不能对抗善意第三人。这意味着，如果股权转让后未进行工商登记，而原股东又将该股权转让给善意第三人，并完成了工商登记，那么善意第三人将取得该股权的所有权，原股权转让协议的受让方可能无法获得股权。
综上所述，只有股权转让协议不在工商登记，并不影响该协议本身的效力。但为了保护自身权益和避免潜在的法律风险，建议在股权转让后及时办理工商变更登记手续。这样不仅可以确保股权转让的合法性和有效性，还能更好地保护自己的权益不受侵害。