在处理公司股东请求确认公司与案外人签订的股权转让协议无效的案件时，管辖法院的确定需综合考虑多个因素，具体分析如下：

1. 协议管辖的优先性

   • 如果股权转让协议中明确约定了争议解决方式和管辖法院，且该约定不违反级别管辖和专属管辖的规定，那么应当首先按照协议中的约定来确定管辖法院。这是基于《中华人民共和国民事诉讼法》第三十五条的规定，即合同或者其他财产权益纠纷的当事人可以书面协议选择与争议有实际联系的地点的人民法院管辖。

2. 无协议管辖或协议无效的情形

   • 当协议中没有约定管辖法院，或者约定不符合法律规定时，应依据《中华人民共和国民事诉讼法》第二十四条的规定，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。
   • 被告住所地：通常指被告的户籍所在地或经常居住地，对于法人或其他组织，则指其主要办事机构所在地。
   • 合同履行地：在股权转让纠纷中，股权转让的目标公司注册地、股权转让款支付地等都可以视为合同履行地。若合同中有明确约定，从其约定；若无约定或约定不明确，则需根据争议标的的性质来判断。对于股权转让合同，若争议标的是股权的交付，通常认为转让方所在地为履行义务一方所在地，即合同履行地。

3. 公司住所地的考量

   • 虽然法律没有明确规定确认股权转让协议无效纠纷直接适用公司住所地管辖，但司法实践中通常认为，此类纠纷与公司密切相关，特别是当纠纷涉及到公司股东资格的确认时，会参照《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条及《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十二条的规定，由公司住所地人民法院管辖。公司住所地是指公司主要办事机构所在地，不明确时由其注册地人民法院管辖。

4. 级别管辖的确定

   • 级别管辖主要根据案件的性质、影响范围和诉讼标的金额等来确定由哪一级人民法院管辖。一般的股权转让纠纷案件，若诉讼标的金额不大、案情简单，通常由基层人民法院管辖；对于重大涉外案件、在本辖区有重大影响的案件以及最高人民法院确定由中级人民法院管辖的案件，可能由中级人民法院管辖；高级人民法院和最高人民法院则管辖在本辖区或全国有重大影响的案件。

5. 特殊情况的处理

   • 在实际案件中，可能存在多个被告、合同履行地不明确或涉及多个合同履行地等复杂情况。此时，需要综合考虑所有相关因素，并结合具体案情和法律规定来进行分析判断。例如，当存在多个被告时，原告可以选择向其中一个被告住所地法院提起诉讼；当合同履行地不明确时，需要根据争议标的的性质和合同履行的具体情况来推断可能的合同履行地。

总结与建议： 在确定公司股东请求确认公司与案外人签订的股权转让协议无效的管辖法院时，应首先检查协议中是否有合法有效的管辖约定。若有，则依约定确定管辖权法院；若无或约定不合法，则需根据被告住所地、合同履行地、公司住所地以及级别管辖等因素来综合判断。由于管辖法院的确定可能涉及复杂的法律分析和事实判断，建议你在遇到具体案件时，直接向我咨询，以便获取更准确的法律意见和指导。