支部书记跨部门调动后，并不一定会自然免职，这主要取决于具体的组织规定、调动性质以及相关法律法规的适用情况。以下从几个角度进行详细分析：

1. 组织规定与内部程序：

   • 支部书记的职务变动，首先需遵循所在党组织的内部规定和程序。不同组织可能有不同的规定，有的可能规定跨部门调动即视为自动免职，有的则可能要求经过特定的程序或会议决定。
   • 因此，要确定支部书记跨部门调动后是否免职，首先需要查阅并理解所在党组织的具体规定。

2. 调动性质与职务关系：

   • 调动性质也是影响是否免职的重要因素。如果调动是平级调动，且新部门仍然需要支部书记这一职务，那么可能不会免职，而是继续担任新部门的支部书记。
   • 如果调动是晋升或降职，或者新部门不设支部书记职务，那么可能会涉及免职问题。但即便如此，也需要经过正式的程序和决定。

3. 相关法律法规的适用：

   • 在处理支部书记职务变动时，还需考虑相关法律法规的适用。虽然直接的法律法规可能并未明确规定跨部门调动后是否免职，但党的组织原则、干部管理条例等可能提供间接的指导。
   • 例如，根据党的组织原则，干部的任免应当遵循民主集中制原则，经过集体讨论和决定。因此，即使跨部门调动，免职也应当经过正式的程序和会议决定，而非自然免职。

4. 实际操作中的建议：

   • 对于支部书记本人而言，如果面临跨部门调动，建议主动与所在党组织沟通，了解调动后的职务安排和免职程序。
   • 对于党组织而言，在处理支部书记职务变动时，应当遵循内部规定和程序，确保任免决定的合法性和合理性。同时，也应当做好与相关人员的沟通和解释工作，避免不必要的误解和纠纷。

总结来说，支部书记跨部门调动后是否免职，并没有一个固定的答案。它取决于具体的组织规定、调动性质以及相关法律法规的适用情况。因此，在处理这类问题时，建议根据实际情况进行具体分析，并遵循相应的程序和规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。