结论：合作建房未取得规划许可证的情况下起诉分配拆迁权益，法院是否受理需分情况讨论，但总体而言，法院有可能受理，但判决结果会因具体情况而异。以下从不同角度进行详细分析：
一、法院受理的可能性
程序合法性角度：
- 法院受理案件的基本条件是原告与案件有直接利害关系，有明确的被告，有具体的诉讼请求和事实、理由，且属于法院受理民事诉讼的范围和受诉法院管辖。在合作建房未取得规划许可证的情况下，如果原告能够证明其与拆迁权益分配有直接利害关系，且满足其他受理条件，法院通常会受理此类案件。
实体合法性角度：
- 尽管合作建房未取得规划许可证可能涉及违法建筑的问题，但这并不直接决定法院是否受理。法院在受理案件后，会进一步审查合作建房的合法性、拆迁权益的归属等实体问题。如果法院认为案件涉及违法建筑的处理，可能会根据相关法律法规进行裁决，但这并不妨碍法院先受理案件。
二、判决结果的不确定性
合作建房合同的效力：
- 如果合作建房合同因未取得规划许可证而被认定为无效，那么根据《民法典》的相关规定，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。在拆迁权益分配上，法院可能会根据双方的过错程度、实际投入等因素进行裁决。
拆迁权益的归属：
- 拆迁权益的归属通常取决于房屋的所有权或使用权。在合作建房的情况下，如果双方对房屋的所有权或使用权有明确约定，且该约定不违反法律法规的强制性规定，法院可能会根据约定来裁决拆迁权益的分配。如果双方没有约定或约定不明确，法院可能会根据双方的出资比例、实际使用情况等因素进行裁决。
违法建筑的处理：
- 如果合作建房被认定为违法建筑，那么根据相关法律法规，违法建筑可能面临被拆除、没收等处罚。在这种情况下，拆迁权益的分配可能会受到严重影响，甚至可能无法获得拆迁补偿。但法院在裁决时，也会考虑双方的过错程度、实际损失等因素。
三、法律建议
收集证据：
- 在起诉前，原告应尽可能收集与合作建房、拆迁权益分配相关的证据，如合作建房合同、出资证明、房屋使用证明等。这些证据将有助于法院查明事实，作出公正裁决。
咨询专业律师：
- 由于合作建房未取得规划许可证的情况涉及复杂的法律问题，建议你直接向我咨询。我可以根据你的具体情况，提供详细的法律分析和建议，帮助你更好地维护自己的合法权益。
考虑和解或调解：
- 在诉讼过程中，双方也可以考虑和解或调解的方式解决纠纷。这不仅可以节省诉讼成本和时间，还可以避免双方关系进一步恶化。如果双方能够达成和解或调解协议，法院通常会予以确认并制作调解书或裁定书。