法院是否受理合作建设违法建筑的诉讼，需分情况讨论，但总体原则是：若诉讼涉及违法建筑的权属、合作合同效力等民事争议，法院会受理；若诉讼直接要求确认违法建筑合法或主张与法律相悖的权利，法院则不会受理。以下从不同角度详细分析：

一、法院受理诉讼的基本原则

1. 民事争议的可诉性：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院受理民事诉讼的范围是公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼。合作建设违法建筑引发的争议，若涉及合作合同的履行、违约责任、权属划分等民事法律关系，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，法院通常会受理。

2. 违法建筑的特殊性：违法建筑是指未经规划土地主管部门批准，未领取建设工程规划许可证或临时建设工程规划许可证，擅自建筑的建筑物和构筑物。由于违法建筑本身不具有合法性，因此，围绕违法建筑产生的权利主张可能受到限制。但合作建设违法建筑的行为本身，以及由此产生的合作合同关系，仍可能成为法院审理的对象。

二、法院可能受理的诉讼类型

1. 合作合同纠纷：若合作双方因合作建设违法建筑产生争议，如一方未按约定出资、未按约定完成建设任务等，另一方可以提起诉讼，要求对方承担违约责任或解除合作合同。此类诉讼涉及合作合同的履行和违约责任，法院会依法受理。

2. 权属纠纷：若合作双方对违法建筑的权属产生争议，如一方主张拥有全部或部分所有权，另一方则否认，双方可以提起诉讼，要求法院确认权属。虽然违法建筑本身不具有合法性，但法院在审理此类案件时，可能会根据合作合同的约定、出资情况、建设贡献等因素，对权属进行划分或认定。

三、法院不会受理的诉讼类型

1. 直接要求确认违法建筑合法：若诉讼直接要求法院确认违法建筑合法，或要求法院保护违法建筑上的所谓“权利”，如要求确认对违法建筑的占有、使用、收益、处分权等，法院将不会受理。因为违法建筑本身不具有合法性，其上的权利主张也缺乏法律依据。

2. 违反法律强制性规定的诉讼：若诉讼涉及的行为本身违反法律、行政法规的强制性规定，如通过合作建设违法建筑进行非法活动、逃避监管等，法院将不会受理此类诉讼。因为法院不会保护违法行为或非法利益。

四、法律建议

1. 谨慎合作：在合作建设建筑项目前，务必确保项目符合法律法规的要求，取得必要的规划、建设等许可。避免合作建设违法建筑，以免陷入法律纠纷。

2. 完善合同：若确实需要合作建设建筑项目，应签订完善的合作合同，明确双方的权利义务、违约责任等。以便在发生争议时，有明确的法律依据进行维权。

3. 及时咨询：若因合作建设违法建筑产生争议，应及时咨询专业律师，了解自身的权利义务和可能的法律后果。以便在诉讼中维护自己的合法权益。

总结来说，法院是否受理合作建设违法建筑的诉讼，取决于诉讼的具体内容和性质。若诉讼涉及合作合同的履行、违约责任等民事争议，且不违反法律、行政法规的强制性规定，法院会受理；若诉讼直接要求确认违法建筑合法或主张与法律相悖的权利，法院则不会受理。在处理此类争议时，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。