结论：在法院已确认拆迁指标归原告，但被告不配合选房的情况下，原告可以采取以下措施来维护自己的合法权益：一是申请法院强制执行，二是与被告协商解决，三是寻求第三方调解，四是考虑提起新的诉讼（如侵权诉讼）。

详细分析：

1. 申请法院强制执行：

   • 法律背景：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，当一方当事人不履行法院生效判决或裁定时，另一方当事人有权向法院申请强制执行。
   • 具体操作：原告可以向法院提交强制执行申请书，并提供相关证据材料，如法院的判决书、拆迁指标确认文件等。法院在审查后，若认为符合强制执行条件，会依法对被告采取强制措施，如查封、扣押、拍卖财产等，以迫使被告履行选房义务。
   • 注意事项：在申请强制执行前，原告应确保已收集到充分的证据，以证明被告的不配合行为以及拆迁指标的归属。同时，原告应了解强制执行可能带来的法律后果，如执行费用、执行时间等。

2. 与被告协商解决：

   • 法律背景：协商解决是民事纠纷中常用的一种解决方式，它有助于双方当事人达成和解，避免进一步的法律纠纷。
   • 具体操作：原告可以主动与被告进行沟通，了解被告不配合选房的具体原因，并尝试提出合理的解决方案。例如，原告可以提出调整选房时间、地点或方式等，以促成双方达成一致。
   • 注意事项：在协商过程中，原告应保持冷静和理性，避免情绪化行为。同时，原告应确保协商内容合法合规，不损害国家、集体或第三人的利益。

3. 寻求第三方调解：

   • 法律背景：调解是一种非诉讼的纠纷解决方式，它通过第三方的介入，帮助双方当事人达成和解协议。
   • 具体操作：原告可以向当地的调解委员会、人民调解组织或相关行政部门申请调解。调解机构会安排调解员对双方进行调解，促成双方达成和解协议。
   • 注意事项：在选择调解机构时，原告应确保其具有合法资质和良好信誉。同时，原告应积极参与调解过程，如实陈述事实和理由，并尊重调解员的调解意见。

4. 考虑提起新的诉讼（如侵权诉讼）：

   • 法律背景：如果被告的不配合行为给原告造成了实际损失或损害了原告的合法权益，原告可以考虑提起新的诉讼，如侵权诉讼。
   • 具体操作：原告可以收集相关证据材料，如损失证明、侵权行为证据等，并向法院提起诉讼。法院在审理后，若认为被告构成侵权，会依法判决被告承担相应的法律责任。
   • 注意事项：在提起新的诉讼前，原告应确保已收集到充分的证据材料，以证明被告的侵权行为以及自己的损失。同时，原告应了解诉讼可能带来的法律后果，如诉讼费用、诉讼时间等。

建议与提醒：

• 在处理此类纠纷时，原告应保持冷静和理性，避免采取过激行为或言语攻击。
• 原告应积极收集证据材料，以证明自己的权益和被告的不配合行为。
• 如果原告对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助和指导。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。