员工在上下班期间发生事故，其工资的发放情况主要取决于事故是否被认定为工伤以及具体的工龄和公司规定。以下是对这一问题的详细解答：
一、交通事故被认定为工伤的情形
如果员工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，根据《工伤保险条例》的相关规定，这种情况应被认定为工伤。在此情形下：
停工留薪期内：
- 员工因工伤需要暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这包括基本工资、奖金、津贴等，但不包含加班工资。
- 停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况可适当延长，但延长不得超过12个月。
- 工资的具体计算方式：
- 若员工在本单位工作已满12个月，按工伤前12个月的月平均工资计算。
- 工龄也可能影响工资发放比例，如连续工作年限不足2年，可能按工资的60%发放；2年至4年，按70%发放；以此类推，8年以上则按100%发放（具体比例可能因地区和单位政策而异）。
停工留薪期满后：
- 如果员工恢复工作能力，工资将按正常出勤标准发放。
- 如果员工因工伤丧失劳动能力，将按伤残等级享受伤残津贴。
二、交通事故未被认定为工伤的情形
如果员工在上下班途中发生的交通事故不符合工伤认定条件（如本人承担主要责任），则工资的发放将遵循以下原则：
请病假：
- 员工需向单位请病假，并按单位病假工资规定发放。
- 病假工资不得低于当地最低工资标准的80%，具体比例可能因单位规章制度和当地政策而异。
未请假旷工：
- 如果员工既未到岗又未请假，可能被认定为旷工，旷工期间通常不发工资，并可能受单位处罚。
三、特殊情况与注意事项
工伤保险缴纳情况：
- 如果公司已为员工缴纳工伤保险，则由工伤保险基金负责赔付相关费用，包括停工留薪期的工资。
- 如果公司未给员工缴纳工伤保险，则需按照工伤保险规定承担全部赔偿责任。
劳动合同约定：
- 即使员工未被认定为工伤，但若劳动合同中有相关约定，单位应按约定支付工资。
保留证据：
- 员工应保留与工伤相关的所有证据，如交通事故认定书、医疗证明等，以便申请工伤待遇时提供证明。
维权途径：
- 如果公司拒绝支付应支付的工资或赔偿，员工可以通过劳动仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
四、举例说明
假设员工小张在下班途中遭遇交通事故：
- 若被认定为工伤（对方负主要责任），小张受伤前月工资为6000元，停工留薪期为3个月。根据工龄，假设小张连续工作年限超过5年，则3个月内单位每月应按一定比例（如80%）支付工资，即每月4800元。
- 若未被认定为工伤（小张负主要责任），小张请1周病假，单位规定病假工资按正常工资的70%发放。则这1周小张的工资为6000÷21.75×7×70% ≈ 1365.52元。
综上所述，员工在上下班期间发生事故后的工资发放问题需综合考虑多个因素。员工应了解自己的权益，并在必要时寻求法律帮助以维护自身合法权益。