针对企业副厂长生病不能胜任工作的情况，可以从以下几个角度进行分析和处理：
医疗期与劳动合同的履行：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期。在医疗期内，企业不得解除劳动合同，且应支付病假工资或疾病救济费，标准可以低于当地最低工资标准，但不得低于最低工资标准的80%。
- 建议：首先确认副厂长的医疗期时长，并确保在此期间其劳动合同得到继续履行，同时按照规定支付相应的病假工资。
不能胜任工作的认定与处理：
- 若副厂长医疗期满后，仍不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的，企业可以依据《劳动合同法》第四十条的规定，提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同。但在此之前，企业需要证明副厂长确实不能胜任工作，这通常需要通过绩效考核、医疗鉴定等方式进行。
- 建议：在解除劳动合同前，企业应进行充分的评估和鉴定，确保解除决定的合法性和合理性。同时，应按照法律规定支付经济补偿金，经济补偿金的标准根据副厂长的工作年限和月工资确定。
协商与调整工作岗位：
- 在副厂长不能胜任原工作的情况下，企业也可以考虑与其协商调整工作岗位，以充分发挥其能力。这既体现了企业对员工的关怀，也有助于维护劳动关系的稳定。
- 建议：在协商过程中，企业应充分听取副厂长的意见和需求，尽量提供适合其身体状况的工作岗位。同时，双方应就新的工作岗位、工作内容、薪酬待遇等事项达成一致，并签订书面协议。
特殊情况下的处理：
- 如果副厂长的病情严重，符合工伤或职业病认定标准的，企业应按照《工伤保险条例》的规定为其申请工伤认定，并享受相应的工伤保险待遇。
- 建议：企业应及时了解副厂长的病情，协助其进行工伤认定申请，并确保其享受应有的工伤保险待遇。
在处理此类问题时，企业还需注意以下几点：
- 合法合规：确保所有处理措施都符合法律法规的规定，避免因违法操作而引发劳动纠纷。
- 人文关怀：在处理过程中，企业应体现对员工的关怀和尊重，尽量减轻其心理和经济负担。
- 沟通协商：加强与副厂长的沟通协商，了解其需求和困难，共同寻求解决方案。
若企业在处理过程中遇到法律难题或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询。我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。