结论：员工借款从工资中扣除是否合法，需根据具体情况判断，包括借款协议的合法性、公司规章制度的合规性以及扣除工资的比例和程序等因素。
分析说明：
借款协议的合法性：
- 如果员工与公司之间签订了合法的借款协议，且协议中明确约定了还款方式（包括从工资中扣除），那么这种扣除方式在协议范围内是合法的。
- 借款协议应当遵循自愿、公平、诚实信用的原则，不得违反法律法规的强制性规定。
公司规章制度的合规性：
- 公司规章制度中如果明确规定了员工借款可以从工资中扣除的相关条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照规章制度执行扣除是合法的。
- 公司规章制度应当经过民主程序制定，并向员工公示或告知，以确保员工对规章制度的内容有所了解。
扣除工资的比例和程序：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位不得克扣劳动者工资，除非有法律、法规规定或者双方约定的情况。
- 即使存在合法的借款协议或公司规章制度，扣除工资的比例也应当合理，不得超过法定限额（如一般不得超过当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准）。
- 扣除工资的程序也应当合法，如应当提前告知员工扣除的原因、金额和期限等。
特殊场景：
- 如果员工对扣除工资有异议，可以向公司提出申诉或协商解决。如果协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
行动建议：
对于员工：
- 在签订借款协议前，仔细阅读协议条款，确保自己了解并同意还款方式。
- 如果公司要从工资中扣除借款，要求公司提供合法的借款协议或公司规章制度作为依据。
- 如果对扣除工资有异议，及时与公司沟通或寻求法律援助。
对于公司：
- 制定合法合规的借款协议和公司规章制度，明确借款和还款的相关条款。
- 在扣除工资前，确保已经履行了告知义务，并保留好相关证据。
- 遵守法律法规关于扣除工资的比例和程序的规定，避免违法扣除。
法律依据：
- 《工资支付暂行规定》等相关法律法规对用人单位扣除劳动者工资的条件、比例和程序等作出了明确规定。
- 《劳动合同法》等法律法规也涉及了劳动者与用人单位之间的权利义务关系，包括工资支付、借款协议等方面。
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