结论：员工向公司借款并同意公司扣除工资偿还借款这一行为，在符合相关法律法规和劳动合同约定的情况下，是合法的。但具体合法性需根据借款协议内容、公司规章制度以及相关法律法规进行综合判断。以下从多个角度进行详细分析：
一、借款协议与工资扣除的合法性基础
借款协议的合法性：
- 员工与公司之间的借款协议，若双方意思表示真实，内容不违反法律、行政法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫等情形，则该借款协议是合法有效的。
- 借款协议中应明确借款金额、还款期限、还款方式等关键条款，以确保双方权益。
工资扣除的合法性：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位在特定情况下可以扣除员工工资，如代扣代缴个人所得税、社会保险费等。
- 若借款协议中明确约定了公司可以从员工工资中扣除借款，且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时公司规章制度中也对此有明确规定，并已向员工公示或告知，则这种工资扣除行为是合法的。
二、需注意的法律要点
借款协议与劳动合同的关联性：
- 借款协议应作为劳动合同的附件或补充协议，明确双方在借款事项上的权利和义务。
- 若借款协议与劳动合同存在冲突或不一致之处，应以劳动合同为准，除非双方另有明确约定。
工资扣除的限额与程序：
- 公司在扣除员工工资时，应确保扣除的金额不超过员工当月工资的20%（具体比例可能因地区而异，需参照当地法律法规），且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 公司应按照规定的程序进行工资扣除，如提前通知员工、提供扣除明细等，以确保员工的知情权。
员工权益的保护：
- 员工有权了解借款协议和公司规章制度中关于工资扣除的具体规定。
- 若员工认为公司的工资扣除行为违法或不合理，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
三、实际操作建议
完善借款协议与规章制度：
- 公司应制定完善的借款协议和规章制度，明确借款事项的具体规定和工资扣除的程序、限额等。
- 借款协议和规章制度应经员工代表大会或全体员工讨论通过，并向员工公示或告知，以确保员工的知情权和参与权。
加强沟通与协商：
- 在签订借款协议前，公司应与员工进行充分沟通，确保员工了解借款事项的具体情况和可能产生的法律后果。
- 若员工对借款协议或工资扣除有异议，公司应积极与员工进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
依法处理争议：
- 若因借款事项或工资扣除产生争议，公司应依法处理，如通过劳动仲裁或诉讼等方式解决争议。
- 在处理争议过程中，公司应尊重员工的合法权益，避免采取过激或违法的行为。
总结：员工向公司借款并同意公司扣除工资偿还借款这一行为，在符合相关法律法规和劳动合同约定的情况下是合法的。但公司应确保借款协议的合法性和有效性，明确工资扣除的程序和限额，并加强与员工的沟通与协商，以维护双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。