结论：公司每周工作时间不超44小时但周六上班是否违法，以及周六是否需要按加班工时计算，需分情况讨论。
分析：
关于每周工作时间与周六上班是否违法：
- 根据《劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。若公司确保员工每周总工作时间不超过44小时，且周六上班的时间被合理计入这44小时之内，那么这种安排并不直接违反法律规定。
- 然而，关键在于公司是否保证了员工的休息权。如果周六上班导致员工连续工作无适当休息，或者公司未按照法律规定支付加班费（如果周六工作被视为加班），则可能构成违法。特别是，如果公司实际上是通过压缩其他工作日的工作时间来“腾出”周六的工作时间，但整体上仍保证了每周不超过44小时，且员工有足够的休息时间，这种安排在法律上可能是被允许的。但若周六工作导致员工每周工作时间超过44小时，或者未给予员工足够的休息日，则公司行为违法。
关于周六是否需要按加班工时计算：
- 这主要取决于公司的工作安排和劳动合同或公司规章制度的约定。如果周六是正常的工作日，且员工每周工作时间未超过44小时，那么周六的工作时间通常不被视为加班。
- 但如果周六工作导致员工每周工作时间超过44小时，或者公司明确将周六定为加班日，并按照法律规定支付了加班费，那么周六的工作时间就需要按加班工时计算。根据《劳动法》第四十四条，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
建议：
- 对于员工：如果认为公司的工作安排违反了劳动法规定，或者未按照法律规定支付加班费，可以与公司进行沟通协商，要求公司调整工作安排或支付应得的加班费。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司：应确保员工的工作时间符合法律规定，保障员工的休息权。如果需要安排员工在周六工作，应明确这是否为加班，并按照法律规定支付加班费或安排补休。同时，公司应制定合理的规章制度，明确工作时间、加班政策等，以避免潜在的劳动纠纷。
示例：
假设某公司实行每周工作六天，每天工作7小时的制度，那么员工每周总工作时间为42小时，未超过法律规定的44小时上限。在这种情况下，如果公司未将周六视为加班日，且未要求员工在周六工作超过7小时，那么这种安排在法律上是被允许的。但如果公司要求员工在周六工作超过7小时，或者虽然每周总工作时间未超过44小时，但未给予员工足够的休息日（如连续工作无休息），则可能构成违法。
总之，公司每周工作时间不超44小时但周六上班是否违法，以及周六是否需要按加班工时计算，需根据具体情况和法律规定来判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。