公司开除员工时，若仅通过自己公司设立的工会进行通知或沟通，这一行为本身并不直接决定开除的合法性，但工会的参与和意见是开除程序合法性的重要考量因素。以下从几个方面详细分析：

1. 工会的角色与地位：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工会是职工自愿结合的工人阶级的群众组织，代表职工的利益，依法维护职工的合法权益。
   • 在公司开除员工的过程中，工会应当参与并发表意见，尤其是当开除决定可能涉及员工重大权益时。工会的参与有助于确保开除决定的公正性和合法性。

2. 开除程序的合法性：

   • 公司开除员工必须遵循法定的程序和条件。这通常包括提前通知员工、说明开除理由、听取员工申辩、与工会协商等步骤。
   • 如果公司仅通过自己设立的工会进行通知或沟通，而未遵循上述法定程序，那么这一开除决定可能因程序违法而无效。
   • 另一方面，即使公司设立了工会，但如果工会在开除过程中未发挥应有的作用，如未听取员工意见、未提出合理建议等，也可能影响开除决定的合法性。

3. 工会的独立性与公正性：

   • 理论上，工会应当独立于公司管理层，代表员工的利益。然而，在实际操作中，公司设立的工会可能受到公司管理层的影响或控制，从而影响其独立性和公正性。
   • 如果工会无法独立、公正地履行职责，那么其参与开除过程的意义将大打折扣，甚至可能成为公司违法开除员工的“帮凶”。

4. 法律建议：

   • 对于公司而言，在开除员工时，应确保遵循法定程序，充分听取员工和工会的意见，确保开除决定的合法性和公正性。
   • 对于员工而言，如果认为公司开除自己的决定违法或不合理，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 同时，员工也可以积极与工会沟通，要求工会发挥应有的作用，维护自己的权益。

总结来说，公司开除员工时，仅通过自己公司设立的工会进行通知或沟通并不足以确保开除的合法性。关键在于是否遵循了法定程序、是否充分听取了员工和工会的意见、以及工会是否独立、公正地履行了职责。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。