结论：员工因申请工伤而需要公司盖章，需分情况讨论，具体如下：
若申请工伤认定所需的材料中，确实需要公司盖章：
- 通常情况下，员工在申请工伤认定时，需要提交一系列的材料，这些材料可能包括工伤认定申请表、与用人单位存在劳动关系的证明材料、医疗诊断证明或者职业病诊断证明书等。其中，工伤认定申请表一般需要用人单位签字盖章，以确认员工受伤的事实以及该受伤是否与工作有关。
- 如果公司拒绝盖章，员工可以采取以下措施：首先，尝试与公司进行沟通协商，说明盖章的必要性以及法律后果；其次，如果沟通无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并协调处理；最后，员工还可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司履行盖章的义务。
若申请工伤认定并不直接需要公司盖章，但公司拒绝配合提供其他必要材料：
- 在某些情况下，申请工伤认定可能并不直接需要公司盖章，但需要公司提供其他必要的材料，如劳动关系证明、工资单等。如果公司拒绝提供这些材料，员工同样可以采取上述的沟通协商、投诉或仲裁等措施来维护自己的权益。
- 特别需要注意的是，根据《工伤保险条例》的相关规定，用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。这意味着，即使公司不配合，员工仍然有权自行申请工伤认定。
关于仲裁与盖章的关系：
- 仲裁是解决劳动争议的一种方式，而盖章是申请工伤认定过程中的一个环节。两者并不直接相关，但如果在申请工伤认定的过程中，公司拒绝盖章或提供其他必要材料，导致员工无法顺利申请工伤认定，那么员工可以通过仲裁来维护自己的权益。
- 在仲裁过程中，员工需要提供充分的证据来证明自己的主张，包括与公司存在劳动关系的证明、受伤的事实以及该受伤与工作有关的证据等。如果仲裁裁决支持员工的请求，公司可能需要承担相应的法律责任，包括但不限于支付工伤待遇、赔偿损失等。
建议：在处理此类问题时，员工应首先了解清楚申请工伤认定所需的具体材料和流程，并尝试与公司进行沟通协商。如果公司拒绝配合或提供必要材料，员工应及时向当地的劳动监察部门投诉或向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。