公司出具了证明劳动关系的材料，但在劳动仲裁或相关程序中却不被认定存在劳动关系，这种情况可能由多种因素导致。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、证明材料本身的问题
材料不完整或存在瑕疵：
- 公司出具的证明劳动关系材料可能未包含所有必要信息，如未明确双方主体、未详细描述工作内容、未注明签订日期等，导致材料无法有效证明劳动关系的存在。
- 材料可能存在涂改、伪造等痕迹，降低了其证明力。
材料与实际情况不符：
- 公司出具的证明材料中的内容与实际情况存在出入，如工作年限、工资标准等关键信息与事实不符，这可能导致仲裁机构或法院对材料的真实性产生怀疑。
二、法律程序与证据规则
证据的充分性与关联性：
- 在劳动仲裁或诉讼中，仅凭公司出具的证明材料可能不足以证明劳动关系的存在。仲裁机构或法院会综合考虑所有证据，包括但不限于劳动合同、工资支付记录、社保缴纳记录、工作证、考勤记录等。
- 如果其他证据与公司出具的证明材料相矛盾，或者无法形成完整的证据链，那么公司出具的证明材料可能无法被采纳。
证据的合法性与真实性：
- 仲裁机构或法院在审查证据时，会关注证据的合法性和真实性。如果公司出具的证明材料是通过非法手段获取的，或者存在伪造、变造等情形，那么这些材料将被视为无效证据。
三、公司行为与法律责任
公司可能否认劳动关系的存在：
- 在某些情况下，公司可能出于各种原因（如避免支付经济补偿、逃避社保缴纳等）而否认与劳动者存在劳动关系。此时，即使公司出具了证明劳动关系的材料，也可能在仲裁或诉讼中反悔或提出异议。
公司可能面临法律责任：
- 如果公司故意出具虚假的证明劳动关系材料，以误导仲裁机构或法院，那么公司可能面临法律责任，包括但不限于罚款、赔偿损失等。同时，这种行为也可能损害公司的信誉和形象。
四、劳动者应对策略
收集并保留所有相关证据：
- 劳动者应尽可能收集并保留所有与劳动关系相关的证据，包括但不限于劳动合同、工资支付记录、社保缴纳记录、工作证、考勤记录、工作邮件、短信等。这些证据将有助于证明劳动关系的存在。
寻求专业法律帮助：
- 如果劳动者在劳动仲裁或诉讼中遇到困难或疑问，可以寻求专业律师的帮助。律师将能够根据具体情况提供针对性的法律建议和指导，帮助劳动者维护自己的合法权益。
注意仲裁或诉讼时效：
- 劳动者应注意劳动仲裁或诉讼的时效问题。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应在时效期间内及时申请仲裁或提起诉讼。
总结来说，公司出具了证明劳动关系的材料却不被认定存在劳动关系，可能是由于材料本身的问题、法律程序与证据规则的限制、公司行为与法律责任的影响等多种因素导致的。劳动者在面对这种情况时，应积极收集并保留所有相关证据，寻求专业法律帮助，并注意仲裁或诉讼时效问题。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。