即使已经发过工资并签了合同，在某些特定情况下，仍可能无法直接证明劳动关系的存在，这主要取决于合同的具体内容、形式以及实际履行情况等多种因素。以下从几个角度详细分析：
合同内容不明确或存在瑕疵：
- 如果劳动合同中的关键条款，如工作内容、工作地点、工作时间、劳动报酬等约定不明确，或者存在模糊、歧义之处，那么这份合同在证明劳动关系时可能会受到质疑。
- 另外，如果合同是伪造、变造或者未经双方真实意思表示一致而签订的，那么这份合同自然无法作为证明劳动关系的有效证据。
合同未实际履行：
- 即便签订了劳动合同，但如果双方并未按照合同约定实际履行，比如劳动者并未实际到岗工作，或者用人单位并未按照合同约定支付工资等，那么在这种情况下，仅凭合同本身可能难以证明劳动关系的存在。
- 实际履行情况是判断劳动关系是否成立的重要依据。如果劳动者能够提供其他证据，如工作证、考勤记录、工资条等，来证明其实际为用人单位提供了劳动，那么这些证据将有助于证明劳动关系的存在。
合同形式不符合法律规定：
- 根据《劳动合同法》的规定，劳动合同应当采用书面形式。如果双方签订的是口头合同，或者合同形式不符合法律要求（如未加盖用人单位公章、未由法定代表人或授权代表签字等），那么这份合同在证明劳动关系时可能会遇到困难。
- 在某些特殊情况下，即使合同形式存在瑕疵，但如果双方已经实际履行了合同义务，且劳动者能够提供其他证据来证明劳动关系的存在，那么法院或仲裁机构仍可能会认定劳动关系的成立。
存在其他法律关系混淆：
- 在某些情况下，劳动者与用人单位之间可能存在其他法律关系，如劳务关系、承揽关系等。这些法律关系与劳动关系在法律性质、权利义务等方面存在显著差异。
- 如果劳动者与用人单位之间实际存在的是其他法律关系，而非劳动关系，那么即使签订了所谓的“劳动合同”，也无法证明劳动关系的存在。此时，需要劳动者根据实际情况提供其他证据来证明其与用人单位之间的法律关系性质。
建议：
- 对于劳动者而言，在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，确保合同内容明确、合法、有效。同时，应妥善保管好合同文本以及其他能够证明劳动关系的证据材料。
- 如果劳动者与用人单位之间就劳动关系的存在发生争议，建议及时咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。
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