结论：请假不批准扣13薪是否合法，需根据具体情况判断，包括公司规章制度、劳动合同内容以及请假性质等。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度与劳动合同的约定
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 若公司规章制度中明确规定了请假不批准将扣除13薪，且该规章制度已经过上述民主程序制定并公示，那么该规定在合法范围内对劳动者具有约束力。
劳动合同内容：
- 劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。若劳动合同中明确约定了请假不批准将扣除13薪，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该约定也是有效的。
二、请假性质与扣除13薪的合理性
事假与病假：
- 事假通常是无薪的，因为事假是劳动者因个人原因无法提供劳动的情况。若公司规章制度或劳动合同中规定事假不批准将扣除13薪，且该扣除与劳动者未提供劳动的时间相对应，那么这种扣除可能是合理的。
- 病假则不同，劳动者在病假期间享有医疗期待遇，公司通常不能随意扣除工资。若公司因劳动者未批准病假而扣除13薪，可能涉嫌违法。
请假程序与批准权限：
- 劳动者请假应遵循公司规定的程序，如提前申请、提供相关证明等。若劳动者未按规定程序请假或未经批准擅自离岗，公司可能根据规章制度进行相应处理。但处理方式应合理合法，不能随意扣除13薪。
- 同时，公司也应合理行使批准权限，不能无故拒绝劳动者的合理请假申请。若公司无正当理由拒绝批准请假并扣除13薪，可能构成违法行为。
三、法律建议与风险提示
审查公司规章制度与劳动合同：
- 劳动者应仔细审查公司规章制度和劳动合同中关于请假和工资扣除的条款，确保自己的权益不受侵害。
与公司协商沟通：
- 若劳动者认为公司扣除13薪的行为不合理或违法，可以与公司进行协商沟通，寻求解决方案。
寻求法律援助：
- 若协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。在此过程中，建议劳动者保留好相关证据，如请假申请、公司规章制度、劳动合同等。
举例说明：假设某公司规章制度中规定，员工事假需提前三天申请并经部门经理批准，否则将扣除当月13薪的相应部分。若员工未按规定程序申请事假且未经批准擅自离岗，公司根据规章制度扣除其13薪的相应部分，这种行为可能是合法的。但若员工因突发疾病需要紧急就医而未能提前申请病假，且事后提供了相关医疗证明，公司仍扣除其13薪，则可能涉嫌违法。
总结：请假不批准扣13薪是否合法，需根据具体情况判断。劳动者应仔细审查公司规章制度和劳动合同中的相关条款，并在必要时寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。