结论：有证据证明员工没有工作，扣工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法扣工资的情形
员工违反公司规章制度：
- 如果公司有明确的规章制度，规定员工在特定情况下（如旷工、迟到早退等）应扣减工资，且这些规章制度已经过民主程序制定并公示，或者已经告知员工，那么在员工确实违反这些规定时，公司扣减工资是合法的。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
员工未提供正常劳动：
- 如果员工因个人原因（如请假、旷工等）未提供正常劳动，且公司有相应的考勤制度和工资支付规定，那么公司可以根据这些规定扣减员工未出勤期间的工资。
- 示例：员工旷工一天，公司根据规章制度扣减其一天的工资，这是合法的。
二、非法扣工资的情形
无合法依据扣减工资：
- 如果公司没有明确的规章制度，或者规章制度未经民主程序制定、未公示或未告知员工，就随意扣减员工工资，这是违法的。
- 示例：公司以“员工表现不佳”为由扣减工资，但没有具体的考核标准和扣减依据，这种扣减就是非法的。
扣减工资超过法定比例或限额：
- 即使公司有合法的扣减工资依据，但如果扣减的比例或限额超过了法律规定，也是违法的。
- 法律依据：如前述《工资支付暂行规定》第十六条所述，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
以非法目的扣减工资：
- 如果公司以报复、威胁等非法目的扣减员工工资，这显然是违法的。
三、建议与注意事项
保留证据：
- 无论是公司还是员工，在涉及工资扣减的纠纷中，都应保留好相关证据，如考勤记录、工资条、规章制度等，以便在纠纷发生时能够证明自己的主张。
协商解决：
- 在发生工资扣减纠纷时，双方应首先尝试通过协商解决，以避免不必要的法律纠纷和成本。
寻求法律援助：
- 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。公司也应积极应对，避免法律风险。
总结：有证据证明员工没有工作，扣工资是否合法取决于具体情况。公司应确保有合法的扣减依据、遵守法定比例和限额、以合法目的进行扣减，并保留好相关证据。员工在遇到非法扣减工资时，应积极维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。