可以申请劳动仲裁。公司法人不是实际控制人这一情况，并不影响你作为劳动者与公司之间劳动关系的认定，也不影响你因被扣工资而申请劳动仲裁的权利。以下从几个方面为你详细分析：

1. 劳动仲裁的申请主体与对象：

   • 劳动仲裁是劳动者与用人单位之间因劳动权益发生争议时，由劳动争议仲裁委员会进行裁决的一种解决方式。
   • 在这个过程中，申请主体是劳动者，而对象是用人单位。公司法人作为用人单位的代表，其身份（是否为实际控制人）并不改变用人单位与劳动者之间的劳动关系本质。

2. 被扣工资与劳动仲裁的关系：

   • 被扣工资是劳动者与用人单位之间常见的劳动争议之一。如果公司无正当理由扣减你的工资，这明显违反了《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》中关于工资支付的规定。
   • 在这种情况下，你有权向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付被扣减的工资，并可能要求公司支付相应的经济补偿或赔偿金。

3. 公司法人不是实际控制人的影响：

   • 公司法人不是实际控制人，这主要涉及到公司内部的治理结构和股权关系，与劳动者和公司之间的劳动关系无直接关联。
   • 无论公司法人是谁，或者实际控制人是谁，都不能成为公司扣减劳动者工资的合法理由。劳动者有权依据劳动合同和法律规定，要求公司按时足额支付工资。

4. 申请劳动仲裁的流程与注意事项：

   • 在申请劳动仲裁前，建议你先收集相关证据，如工资条、劳动合同、公司扣减工资的通知或记录等，以证明公司扣减工资的事实。
   • 然后，你可以向当地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并按照仲裁委员会的要求填写相关表格和提交证据。
   • 在仲裁过程中，你需要积极配合仲裁委员会的调查和调解工作，并如实陈述事实和提供证据。

行动建议：

• 如果你确定要申请劳动仲裁，建议尽快行动，以免超过法定的仲裁时效。
• 在申请过程中，如果遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。

总之，公司法人不是实际控制人并不影响你申请劳动仲裁的权利。如果你被公司扣减了工资，且认为这一行为没有合法依据，那么你有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。