公司扣工资，劳动者确实有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据

1. 《劳动法》第五十条：明确规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这是劳动者申请劳动仲裁的基本法律依据。
2. 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条：规定因劳动报酬等发生的争议适用本法。这为劳动者就公司扣工资行为申请劳动仲裁提供了直接的法律支持。

二、申请劳动仲裁的条件

1. 扣工资行为需无正当理由：若公司扣工资没有合法依据，如未经法定程序制定的规章制度、未与员工协商一致等，则劳动者有权要求公司返还扣除的工资，并申请劳动仲裁。
2. 准备好相关证据：劳动者需收集并准备好劳动合同、工资条、考勤记录、银行工资流水明细等相关证据，以证明公司存在扣工资的行为且该行为无正当理由。

三、申请劳动仲裁的流程

1. 提交仲裁申请：劳动者应向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会提交书面仲裁申请。申请书应详细说明申请人与被申请人的基本信息、仲裁请求、事实与理由等内容，并附上收集的证据材料。
2. 等待受理与通知：仲裁委员会在收到申请后会进行审查，符合受理条件则予以受理，并将仲裁申请书副本送达被申请人，同时通知双方开庭时间。
3. 开庭审理：双方当事人在指定时间到达仲裁庭参加庭审。在庭审过程中，双方可以进行陈述、举证、质证等环节，就争议焦点进行辩论。
4. 裁决与执行：仲裁庭在审理后作出裁决。若用人单位对裁决结果不履行，劳动者可在规定期限内向法院申请强制执行。

四、注意事项

1. 仲裁时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应在扣工资行为发生之日起一年内提起仲裁。
2. 积极配合仲裁庭：在整个仲裁流程中，劳动者应积极配合仲裁庭的工作，提供必要的证据和材料，并按时参加庭审等活动。

五、可能的结果

1. 若仲裁裁决支持劳动者：公司需足额支付被克扣的工资及可能产生的赔偿金。若公司不履行裁决，劳动者可向法院申请强制执行。
2. 若仲裁裁决不支持劳动者：劳动者可考虑是否进一步通过诉讼途径维护自己的权益。但在此之前，建议劳动者仔细分析裁决理由，评估诉讼的可行性和风险。

建议：当公司无故扣发劳动者工资时，劳动者应首先与公司进行沟通协商，要求其说明扣工资的合理依据并返还被扣工资。若协商不成，再考虑申请劳动仲裁。在整个过程中，劳动者应确保收集并保留好相关证据，以支持自己的仲裁请求。若您在此过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。