单位以旷工开除员工是否合法，需结合具体情况判断，关键在于单位规章制度是否合法有效、员工旷工事实是否成立以及解除程序是否合法。以下从合法与非法两种情况及法律依据进行详细分析：
合法情况
规章制度合法有效：
- 单位必须制定明确的规章制度，将旷工行为列为严重违纪情形，并明确规定达到一定旷工天数或程度时，单位有权解除劳动合同。例如，某公司规定“连续旷工3天或累计旷工5天视为严重违反规章制度”，这样的规定就是合法有效的。
- 规章制度的制定需遵循法定程序，即应经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知。只有经过这些程序制定的规章制度，才对劳动者具有约束力。
员工旷工事实成立：
- 单位需能证明员工未按规定出勤且无正当理由，如未请假或请假未获批准而擅自离岗。完善的考勤制度和记录（如打卡记录、考勤报表等）是证明员工旷工行为和天数的关键证据。
- 如果员工确实存在旷工行为，且该行为达到了规章制度中规定的严重违纪程度，那么单位就有权依据规章制度解除劳动合同。
解除程序合法：
- 当员工旷工行为符合规章制度规定的解除条件时，单位需按照法定程序解除劳动合同。这包括事先通知工会并听取其意见（如果单位有工会的话），以及将解除劳动合同的决定以书面形式送达劳动者本人。
- 解除程序的合法性是确保单位解除行为合法的重要一环，如果程序存在瑕疵，那么解除行为可能被认定为违法。
非法情况
规章制度不合法或不合理：
- 如果单位无书面规章制度，或制度未明确旷工定义及处罚标准，那么解除行为就可能无效。例如，单位仅仅口头规定旷工一天就解除劳动合同，而没有将这一规定写入书面规章制度中，这样的规定就是无效的。
- 制度内容显失公平也可能被认定为违法。比如，单位规定轻微迟到即按旷工处理，这样的规定显然过于苛刻，可能被认定为不合理。
证据不足：
- 单位需提供充分的证据证明员工旷工事实。如果单位仅仅凭口头主张而无法提供考勤记录、催告通知等证据，那么就无法证明员工存在旷工行为，解除行为也就可能被认定为违法。
程序瑕疵：
- 如果单位未事先告知员工旷工后果，或未给予申辩机会直接解除劳动合同，那么就构成程序违法。程序瑕疵是导致解除行为违法的一个常见原因。
特殊情形保护：
- 如果员工因不可抗力（如突发疾病、交通事故）未能及时请假，单位应核实后酌情处理。径行解除劳动合同可能违法。例如，员工因突发疾病住院治疗而无法及时请假，单位在未核实情况下就解除劳动合同，这样的行为就是违法的。
法律依据
- 《劳动合同法》第三十九条：劳动者严重违反用人单位规章制度时，单位可单方解除合同。这是单位以旷工开除员工的直接法律依据。
- 《劳动合同法》第四十三条：解除需提前通知工会（如有）。这是确保解除程序合法的重要规定。
- 最高人民法院《关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释》：单位需举证证明规章制度合法性及旷工事实。这要求单位在解除劳动合同时必须提供充分的证据支持其解除行为。
总结来说，单位以旷工开除员工是否合法，需根据具体情况进行综合分析。如果单位规章制度合法有效、员工旷工事实成立且解除程序合法，那么解除行为就是合法的；反之，则可能构成违法解除。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。