关于“三年内调动职务两次以上如何处理”这一问题，需结合具体情境和单位性质来分析，以下是不同情况下的处理方式：
- 公务员或事业单位人员
根据《公务员法》和《事业单位人事管理条例》，公务员或事业单位人员的职务调动需遵循组织程序和编制管理规定。若三年内调动两次以上，需重点审查：
- 调动程序是否合规：是否经过单位党委（党组）集体讨论、报上级主管部门审批（如需）、履行公示等程序；
- 调动原因是否合理：是否因工作需要、专业匹配或机构改革等正当原因，而非个人关系或违规操作；
- 编制和岗位是否匹配：调动后是否占用新单位编制，岗位是否与原职级、专业相符。
若程序合规、原因合理，则调动有效；若存在违规（如未审批、超编调动等），可能被撤销调动决定，相关人员需承担纪律责任。
- 国有企业员工
国有企业职务调动需遵守《企业国有资产法》和公司章程，重点看：
- 内部决策程序：是否经董事会、经理层或职工代表大会决议；
- 劳动合同约定：调动是否涉及岗位变更，是否与员工协商一致（若未协商，员工可主张权益）；
- 利益冲突审查：频繁调动是否涉及利益输送或违反竞业限制。
若程序合法且员工同意，调动有效；若程序违法或损害员工权益，员工可申请劳动仲裁或起诉。
- 民营企业员工
民营企业职务调动以劳动合同和公司规章制度为依据：
- 若劳动合同明确约定“公司可根据经营需要调整岗位”，且调动不具有侮辱性、惩罚性（如从管理岗调至清洁岗），则一般合法；
- 若调动涉及降薪、变更工作地点等重大事项，需与员工协商一致，否则可能构成违法调岗，员工可拒绝并主张赔偿。
建议：
- 若您是被调动方，先核对调动程序是否合规，保留书面通知、会议记录等证据；若认为违法，可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。
- 若您是单位方，需完善调动制度，明确程序、理由和员工权益保障措施，避免纠纷。
如有具体案例或细节需要分析，可直接向我咨询，我会结合实际情况为您进一步解答。