借调人员超过三年，一般需根据借调协议约定及实际工作情况，通过协商、调整或终止借调关系等方式处理。以下从不同角度展开分析：

1. 借调协议的约定
   若借调协议中明确约定了借调期限（如三年），且未设置自动续期条款，则借调期满后，借调关系原则上应终止。此时，被借调人员应返回原单位工作，原单位需为其安排合适岗位；若借调单位需继续使用该人员，需与原单位重新协商并签订新的借调协议，明确新的期限、待遇等条款。

2. 实际工作情况与协商处理
   若借调期满后，借调单位因工作需要仍需使用该人员，而原单位也同意继续借调，双方可协商延长借调期限，并签订补充协议。补充协议需明确延长期限、双方权利义务等，避免因期限不明产生纠纷。若原单位不同意继续借调，借调单位应配合办理人员退回手续，不得强行留用。

3. 法律风险与合规建议

   • 劳动关系归属：借调期间，被借调人员的劳动关系仍属于原单位，借调单位仅承担用工管理责任。若借调单位未与原单位协商一致擅自延长借调期限，可能面临劳动争议风险（如被借调人员主张工资、社保等权益）。
     
   • 社保与福利：借调单位需按协议约定为被借调人员缴纳社保、发放工资及福利。若借调期满未及时处理，可能导致社保断缴、工资拖欠等问题，引发法律纠纷。
     
   • 终止借调的后续安排：借调关系终止后，原单位需为被借调人员安排工作，若原岗位已撤销或人员过剩，可协商调岗或依法解除劳动合同（需支付经济补偿）。

4. 特殊情形处理

   • 事业单位或国企借调：若涉及公共部门，需遵守《事业单位人事管理条例》《企业职工带薪年休假实施办法》等规定，确保借调程序合法合规。
     
   • 跨地区借调：需注意社保转移、工资支付标准（如借调地与原单位所在地差异）等问题，避免因地域政策差异产生纠纷。

建议：若您或您所在单位涉及借调人员超过三年的情况，建议优先审查借调协议条款，并与对方单位协商明确后续安排。若协商无果或存在争议，可进一步向我咨询具体法律方案。