借调时间超过三个月，应当根据实际情况，由借调单位、被借调单位以及借调员工三方协商，可能涉及调整借调期限、签订新的借调协议或回归原单位等事宜。具体分析如下：
一. 借调期限的法律规定
- 借调作为一种特殊的用工形式，其期限通常由借调协议约定。若借调协议中明确规定了借调期限，且该期限已届满，但借调员工仍在借调单位工作，此时应视为借调期限的延长或需要重新签订借调协议。
- 若借调协议中未明确约定借调期限，或约定的期限不明确，则应根据实际情况，由借调单位、被借调单位及借调员工三方协商确定。
二. 超过借调期限的处理方式
- 协商延长借调期限：若借调单位仍需借调员工继续工作，且被借调单位及借调员工均同意，可以协商延长借调期限，并签订书面的延长协议。
- 签订新的借调协议：若借调期限延长较多，或原借调协议中的某些条款需要调整，可以重新签订一份新的借调协议，明确新的借调期限、工作内容、薪酬待遇等。
- 回归原单位：若借调单位不再需要借调员工，或借调员工希望回归原单位，则应按照借调协议的约定，办理回归原单位的手续。
三. 注意事项
- 借调期限的延长或新的借调协议的签订，均应遵循平等、自愿、协商一致的原则。
- 借调员工在借调期间的权益保障，如薪酬待遇、社会保险等，应在借调协议中明确约定，并确保得到实际履行。
- 若因借调期限问题产生争议，应首先通过协商解决；协商不成的，可以依法向劳动争议仲裁机构申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。
我建议，在借调时间超过三个月的情况下，借调单位、被借调单位及借调员工应尽快进行沟通协商，明确后续的处理方式，以确保各方的合法权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。