员工旷工，公司是有权扣除相应工资的，但具体操作必须依法依规进行。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与扣款条件
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。但这里的“克扣”和“无故拖欠”有特定含义，并不意味着任何情况下都不能扣工资。关键在于扣款是否合法、合理，以及是否符合规章制度。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可以从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 旷工虽然不一定直接导致经济损失，但可以视为劳动者未履行劳动义务，公司可以依据规章制度进行相应处理，包括扣款。
规章制度的规定：
- 公司应在内部规章制度中明确规定旷工的定义、后果及处理方式，包括是否扣工资、扣多少等。这些规章制度必须经过法定的民主程序制定，并向员工公示或告知，确保员工知晓并同意。
二、扣款的具体操作与限制
扣款比例：
- 即使因旷工扣款，每月扣除的部分也不得超过员工当月工资的20%。这是法律对扣款比例的明确限制，公司必须遵守。
最低工资标准：
- 扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这是保障员工基本生活需要的法律要求，公司不得违反。
程序正当：
- 在扣款前，公司应进行调查核实，确保旷工事实成立。同时，应听取员工的陈述和申辩，保障其合法权益。
三、特殊情况与处理建议
连续旷工多日：
- 若员工连续旷工多日，严重违反了公司的规章制度，公司有权解除劳动合同，并可能根据规章制度扣除一定比例的工资作为惩罚。但解除合同需提前通知工会（如有），并遵循法定程序。
协商处理：
- 在处理旷工问题时，公司应优先考虑与员工进行沟通协商，了解其旷工原因，寻求解决方案。这有助于维护良好的劳动关系，避免不必要的纠纷。
完善管理：
- 公司应建立健全考勤管理制度，加强对员工出勤情况的监督和管理。通过预防旷工行为的发生，减少因旷工带来的管理困扰和经济损失。
四、实际案例与启示
案例一：某公司员工旷工一天，公司依据规章制度扣发了其当日工资。该员工认为公司扣款不合理，提起劳动仲裁。仲裁机构审查后认为，公司规章制度合法有效，且扣款比例未超过法定限度，因此驳回了员工的仲裁请求。
启示：公司应确保规章制度的合法性和合理性，并严格按照规定进行扣款处理。同时，员工也应遵守公司规章制度，避免无故旷工。
案例二：某公司员工连续旷工多日，公司依据规章制度解除了其劳动合同，并扣除了部分工资作为惩罚。该员工认为公司解除合同和扣款均违法，提起诉讼。法院审理后认为，公司解除合同程序合法，但扣款比例超过了法定限度，因此判决公司返还多扣除的部分。
启示：公司在处理旷工问题时，应严格遵守法律规定的扣款比例和最低工资标准。同时，解除合同需遵循法定程序，确保合法合规。
总结与建议：员工旷工时，公司有权依据合法有效的规章制度扣除相应工资，但必须严格遵守法律规定的扣款比例和最低工资标准。在处理旷工问题时，公司应优先考虑与员工进行沟通协商，寻求解决方案。同时，建立健全考勤管理制度，预防旷工行为的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。