员工旷工被扣工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

一、合法性基础与条件

1. 企业规章制度合法性：

   • 内容合法：企业规章制度中关于旷工扣工资的规定，不得违反法律、法规的强制性规定。例如，扣款金额应合理，不能过高，且应与缺勤期间的工资损失相匹配。
   • 程序民主：企业在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，如劳动纪律、劳动报酬等，应当经过职工代表大会或者全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 公示告知：企业应当将制定的规章制度进行公示或告知劳动者，如通过员工手册发放、规章制度培训、公告栏张贴等方式，以确保员工了解并遵守相关规定。

2. 扣款比例与限度：

   • 根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可扣除当月工资的20%，但扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。这一条款虽未直接针对旷工，但为旷工扣款提供了参考，即扣款应有限度，不得过度。
   • 实践中，旷工扣款通常按旷工天数乘以日工资计算，且单次扣款不得超过月工资的20%，同时扣款后实发工资不得低于当地最低工资标准。

二、违法风险与争议处理

1. 违法风险点：

   • 若企业规章制度未经过民主程序制定、未公示或告知劳动者，或扣款比例过高、无证据支持等，均可能被认定为违法行为。
   • 例如，某公司因未证明员工知晓考勤制度，其扣款主张被法院驳回，这体现了程序合法性的重要性。

2. 争议处理途径：

   • 若员工对旷工扣款有异议，可与企业协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
   • 典型案例显示，某员工因旷工被扣发整月工资，仲裁委裁决公司返还超额扣款并支付经济补偿金，这体现了法律对员工权益的保护。

三、企业正确处理方式

1. 完善规章制度：

   • 企业应通过民主程序制定《员工手册》，明确旷工的认定标准和处分梯度，如首次警告、二次扣发当日工资、三次解除劳动合同等。

2. 规范扣款流程：

   • 扣款前须履行告知义务，出具书面通知并说明事由。扣款金额不得超过当月工资的20%且不得低于最低工资标准。

3. 建立申诉机制：

   • 企业应设立劳动争议调解委员会，对扣款异议进行公正裁决，保障员工救济权利。

四、员工注意事项

1. 主动了解规章制度：

   • 员工应主动了解企业的规章制度，特别是与考勤、工资相关的条款，以便在发生争议时维护自己的权益。

2. 及时申诉与维权：

   • 若对旷工认定存在异议或认为扣款不合理，员工应及时向企业申诉或向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁。

3. 保留相关证据：

   • 员工应保留考勤异常的相关证据，如系统故障截图、短信通知等，以便在争议处理中证明自己的主张。

总结来说，员工旷工被扣工资在一定条件下是合法的，但需遵循法律规定和合理限度。企业应完善规章制度、规范扣款流程、建立申诉机制；员工则应主动了解规章制度、及时申诉与维权、保留相关证据。若您在此方面遇到具体问题，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议。